结论：写明单位公章却盖了合同专用章，合同在一般情况下仍然是有效的，但具体效力需结合合同内容、双方交易习惯及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同专用章与公章的法律效力
- 合同专用章：合同专用章是专门用于签订合同的印章，它代表了单位在合同签订方面的授权。在合同上加盖合同专用章，通常意味着单位对合同内容的认可和接受，具有法律效力。
- 公章：公章是单位对外行使权力的标志，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，同样表示单位对合同内容的确认和承担相应责任。
二、盖合同专用章而非公章的合同效力
一般情况下的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且加盖了合同专用章，合同即成立并生效。
- 合同专用章的使用，并不必然导致合同无效。关键在于双方是否对合同内容达成一致，以及合同是否违反法律、行政法规的强制性规定。
特殊情况下的效力认定：
- 如果合同中明确约定必须加盖公章才生效，而实际只加盖了合同专用章，那么合同可能因未满足生效条件而无效。但这种情况较为少见，且需要合同中有明确的约定。
- 如果双方在交易过程中有使用合同专用章的习惯，且对方未对此提出异议，那么可以认为双方对使用合同专用章签订合同已经达成了共识，合同仍然有效。
三、法律建议
- 审查合同内容：在签订合同时，应仔细审查合同内容，确保合同条款合法、明确，且双方意思表示真实。
- 明确印章使用规定：如果单位对印章使用有明确规定，应在合同中注明或提前告知对方，以避免因印章使用问题引发纠纷。
- 保留证据：在合同签订过程中，应保留好相关证据，如合同文本、盖章记录、沟通记录等，以备不时之需。
四、可能后果
- 合同有效：如果合同内容合法、双方意思表示真实，且加盖了合同专用章，那么合同将有效成立，双方应按照合同约定履行义务。
- 合同无效或可撤销：如果合同存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者双方意思表示不真实等情况，那么合同可能无效或可撤销。此外，如果合同中明确约定必须加盖公章才生效，而实际未加盖，也可能导致合同无效。
总结：写明单位公章却盖了合同专用章，合同在一般情况下仍然是有效的。但为了避免潜在的法律风险，建议在签订合同时明确印章使用规定，并保留好相关证据。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。