结论：公司出示证明并加盖合同专用章，在符合法定条件和程序的情况下，是有效的。但具体效力还需结合实际案件及盖章的具体情况进行综合分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同专用章的基本功能与适用范围
合同专用章主要用于签订和确认合同文件，表明双方对合同条款的认可和承诺。其使用范围相对有限，主要限于与合同签订直接相关的文件。然而，这并不意味着合同专用章不能用于其他类型的文件，只要该文件的内容与合同相关，且加盖合同专用章代表了公司的真实意思表示，那么该文件在法律上就可能具有效力。
二、证明材料加盖合同专用章的有效性分析
法律角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，盖章是合同成立的有效方式之一。虽然证明材料不完全等同于合同，但从意思表示和确认事实的角度来看，加盖合同专用章的行为也具有一定的法律效力。
- 民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定和不违背公序良俗。若加盖合同专用章的主体满足这些条件，则证明材料应认定有效。
实践角度：
- 在司法实践中，法院对于加盖合同专用章的证明材料通常会进行综合审查，包括盖章行为的真实性、盖章主体的民事行为能力、盖章程序的合法性以及证明材料内容的合理性等。
- 如果公司能够证明盖章行为代表了公司的真实意思，且证明材料内容符合上述要求，那么法院一般会认可其效力。例如，公司在业务往来中出具的关于交易事实的证明材料，并加盖了合同专用章，那么这份材料在审理涉及该交易的纠纷时，很可能会被作为认定事实的参考依据。
风险与不确定性：
- 尽管加盖合同专用章的证明材料在法律上可能具有效力，但也存在一定的风险和不确定性。因为合同专用章并非专门用于证明文件的印章，其法律效力主要体现在合同领域。
- 如果接收方对合同专用章作为证明章的有效性提出质疑，或者证明材料的内容与公司业务不相关、存在违法违规等情况，那么证明材料的效力可能会受到挑战。
三、建议与注意事项
优先使用公章或专用证明章：
- 为确保证明材料的法律效力和广泛认可度，公司应优先使用公章或专门用于证明的印章。这些印章在法律上具有更高的权威性和认可度，能够减少争议和风险。
明确印章使用范围和权限：
- 公司应制定明确的印章管理制度，规定各类印章的使用范围和权限。避免将合同专用章等特定用途的印章用于非合同领域的文件，以减少法律风险和纠纷。
加强沟通与确认：
- 在提供证明材料前，公司应与接收方进行充分沟通，确认其对印章类型和效力的要求。如果需要加盖合同专用章作为证明章使用，应事先获得接收方的书面同意或特别约定，以确保证明材料的效力得到认可。
注意证明材料的内容和形式：
- 证明材料的内容应与公司业务相关且具有合理性，不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。同时，证明材料的形式也应符合法律要求，如需要签名、盖章或按指印等。
总结：公司出示证明并加盖合同专用章在符合法定条件和程序的情况下是有效的，但具体效力还需结合实际案件及盖章的具体情况进行综合分析。为确保证明材料的法律效力和广泛认可度，公司应优先使用公章或专门用于证明的印章，并明确印章使用范围和权限、加强沟通与确认、注意证明材料的内容和形式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。