合同盖了合同专用章一般是有效的。下面我详细为您解释一下：

1. 合同专用章的法律效力：

   • 合同专用章是单位对外签订合同时专门使用的印章，其在代表单位意志方面与公章具有同等法律效力。
   • 加盖合同专用章，通常视为对合同内容的一种确认和认可，表明双方当事人已经就合同条款达成一致意见，合同因此成立并生效。

2. 合同有效的其他要件：

   • 除了加盖合同专用章外，合同的有效还需要满足其他要件，如合同当事人必须具备相应的民事行为能力，合同内容必须反映当事人的真实意愿，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的干扰，以及合同内容、形式和订立程序必须合法等。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 如果合同专用章存在私刻、未依法备案或超越授权范围使用等情形，可能导致合同效力存在瑕疵。
   • 另外，如果企业内部对合同专用章的使用有特殊管理规定，如需要特定审批程序，而实际盖章时未遵循这些规定，虽然可能影响合同在企业内部的效力认定，但通常不影响合同对外部相对人的有效性。

综上所述，合同盖了合同专用章在大多数情况下是有效的，但也需要综合考虑其他因素来判断合同的最终效力。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何疑问或纠纷，欢迎随时向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。