结论：合同中写了加盖公章生效，但实际只盖了合同专用章，合同是否有效需根据具体情况综合判断。在一般情况下，合同专用章同样能代表公司的真实意愿，合同是有效的；但也存在特殊情形导致合同无效或效力瑕疵。
一、有效的情况
合同专用章的法律效力：
- 合同专用章是公司专门用于签订合同的印章，与公章一样，具有代表公司对外作出意思表示的法律效力。在合同上加盖合同专用章，通常可视为公司对合同内容的认可和接受，即公司愿意受到合同条款的约束。
合同要素齐全：
- 如果合同是当事人之间自愿签订的，内容合法，不违背公序良俗，且订立合同的当事人具有相应的民事行为能力，那么即使合同中写的是加盖公章生效，但实际只盖了合同专用章，合同同样有效。因为合同的有效性主要取决于合同内容、签订过程以及双方当事人的意思表示，而非仅仅取决于印章的种类。
二、无效或存在效力瑕疵的情况
存在特别约定：
- 如果合同双方对合同的生效条件有特别约定，如明确约定必须加盖公章才能生效，那么仅加盖合同专用章可能无法满足生效条件，合同可能无法生效。但这种情况较为少见，且需要双方有明确的约定。
盖章主体不合法或存在瑕疵：
- 如果盖章的主体不具备相应的民事行为能力或没有合法的授权，例如，使用伪造、变造的合同专用章，或者盖章人员未经公司授权擅自使用合同专用章，那么合同的效力可能会受到影响。此时，合同可能被认定为无效或效力待定。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 即使合同上加盖了合同专用章，但如果存在一方通过欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下盖章，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同。
违反法律法规的强制性规定：
- 合同内容如果违反了法律法规的强制性规定，即使盖有合同专用章，合同也是无效的。例如，涉及非法买卖毒品、枪支等违禁物品的合同，无论是否盖章，都因违法而无效。
三、实际操作建议
- 在签订合同时，建议当事人尽量明确合同的生效条件，并确保合同上加盖的印章符合双方约定。如果合同中写的是加盖公章生效，但实际情况下只能加盖合同专用章，最好与对方协商一致并修改合同条款，以避免后续纠纷。
- 对于盖章行为，应确保盖章主体具有合法的授权和民事行为能力，以避免因盖章主体不合法而导致的合同效力问题。
- 在合同签订过程中，应遵守法律法规的强制性规定，确保合同内容的合法性，避免因违法而导致合同无效。
综上所述，合同中写了加盖公章生效但实际只盖了合同专用章，合同是否有效需根据具体情况进行综合分析。在实际操作中，当事人应谨慎对待合同签订过程中的每一个环节，以确保合同的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。