结论：合同中约定需盖公章，但实际盖了合同专用章，一般情况下合同仍然有效，但具体效力需结合合同内容、双方行为及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同专用章与公章的法律效力
公章的法律效力：公章是法人权利的象征，在法律上具有最高的效力。合同上加盖公章，通常代表法人对合同内容的确认和接受，是法人意志的直接体现。
合同专用章的法律效力：合同专用章是专门用于签订合同的印章，其法律效力在合同签订领域内与公章相当。根据《民法典》及相关司法实践，只要合同专用章是真实、合法且由法人授权使用的，其加盖在合同上即视为法人对合同内容的认可。
二、合同盖章不符约定的效力判断
双方无异议时：如果合同双方对合同专用章的使用均无异议，且合同内容合法、双方意思表示真实，那么即使合同中约定需盖公章而实际盖了合同专用章，合同仍然有效。因为合同专用章的使用并未违反法律的强制性规定，也未损害国家、集体或第三人的利益。
一方有异议时：如果一方对合同专用章的使用提出异议，认为合同因此无效或可撤销，那么需要结合具体情况进行判断。例如，如果异议方能够证明合同专用章的使用未经法人授权、存在欺诈或胁迫等情形，那么合同可能被认定为无效或可撤销。但这种情况需要异议方提供充分的证据支持其主张。
三、实务建议
审查合同条款：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，明确约定合同生效的条件、盖章的要求等。如果合同中明确约定需盖公章，那么双方应严格遵守这一约定，以避免后续纠纷。
保留证据：在合同签订和履行过程中，双方应妥善保留与合同相关的证据，如合同文本、盖章记录、通信记录等。这些证据在后续纠纷解决中可能起到关键作用。
及时沟通：如果发现合同盖章与约定不符，双方应及时沟通并协商解决方案。如果双方能够达成一致意见，可以签订补充协议或进行其他形式的确认，以明确合同的效力和双方的权利义务。
寻求法律帮助：如果双方无法就合同盖章问题达成一致意见，或者一方认为合同因此受到损害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方妥善解决纠纷。
总结：合同中约定需盖公章但实际盖了合同专用章，并不必然导致合同无效。合同效力需结合合同内容、双方行为及法律规定综合判断。在实务中，双方应严格遵守合同约定、保留证据、及时沟通并寻求法律帮助以妥善解决纠纷。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。