结论：合同中约定加盖公章生效，但实际加盖了合同章，合同是否生效不能一概而论，需结合合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同明确约定仅加盖公章合同才生效：
- 此时加盖合同章可能不符合合同约定的生效条件。但需进一步审查合同条款，看是否有关于合同章效力的特别约定。若合同中未明确排除合同章的效力，且合同章能够代表公司的真实意思表示，那么合同仍有可能被认定为生效。例如，合同中虽写明“本合同自双方加盖公章之日起生效”，但双方在实际履行过程中，均认可合同章的效力，且合同章的使用符合公司内部规定，那么合同可能仍被视为生效。
- 法律建议：在此情况下，建议双方协商一致，对合同生效条件进行补充确认，如签订补充协议明确合同章的效力，以避免后续纠纷。
若合同未明确排除合同章的效力：
- 合同章作为公司对外签订合同的一种常用印章，其效力在法律上通常是被认可的。因此，即使合同中约定加盖公章生效，但实际加盖了合同章，且合同章能够代表公司的真实意思表示，合同仍有可能被认定为生效。
- 法律建议：在此情况下，若双方对合同效力无异议，可继续履行合同；若一方对合同效力提出质疑，建议通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
二、法律规定角度
合同生效的一般原则：
- 依法成立的合同，自成立时即具有法律效力。合同的生效并不完全取决于加盖的印章类型，而是取决于合同双方是否具备相应的民事行为能力、意思表示是否真实、合同内容是否合法等。因此，即使合同中约定加盖公章生效，但实际加盖了合同章，只要合同符合法律规定的生效条件，合同仍有可能被认定为生效。
- 法律建议：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容的合法性、真实性和有效性。同时，对于印章的使用，应遵循公司内部规定和法律规定，避免因印章使用不当而引发纠纷。
特殊情形下的合同生效：
- 对于某些特定类型的合同，如中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同等，法律、行政法规规定必须办理批准、登记等手续才能生效。在这些情况下，即使合同已经加盖公章或合同章，但在未办理完相关手续之前，合同仍然不具有法律效力。
- 法律建议：对于需要办理特别手续或满足特定条件的合同，双方应及时履行相关义务，以确保合同的顺利生效和履行。同时，在签订合同时，应明确约定合同生效的条件和期限，以避免因条件未成就或期限未到来而引发的纠纷。
三、实际情况角度
合同章的使用习惯：
- 在实际商业活动中，合同章的使用非常普遍。许多公司为了方便管理，会使用合同章来签订各类合同。因此，即使合同中约定加盖公章生效，但实际加盖了合同章，且双方对此均无异议，那么合同仍有可能被视为生效。
- 法律建议：在此情况下，双方应尊重商业习惯和交易惯例，继续履行合同义务。同时，为避免后续纠纷，建议在合同中明确约定合同章的效力或签订补充协议进行确认。
合同履行情况：
- 合同的生效不仅取决于合同的形式要件（如印章），还取决于合同的实质要件（如履行情况）。如果双方已经按照合同约定履行了部分或全部义务，且对方对此无异议，那么即使合同中约定加盖公章生效但实际加盖了合同章，合同仍有可能被视为生效。
- 法律建议：在此情况下，双方应继续履行合同义务，并保留好相关证据（如履行凭证、沟通记录等），以证明合同的履行情况和双方的认可态度。
总结与进一步建议：合同中约定加盖公章生效但实际加盖了合同章时，合同是否生效需结合合同约定、法律规定及实际情况综合判断。若双方对合同效力无异议且合同符合法律规定的生效条件，可继续履行合同；若一方对合同效力提出质疑或合同存在特殊情形（如需办理批准、登记手续等），建议通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。