针对您提出的问题“合同上注明盖公章后合同生效，对方盖了合同专用章可以吗”，以下是我的详细解答：

一、合同专用章的法律效力概述

在大多数情况下，合同上加盖合同专用章是具有法律效力的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同专用章作为企业在对外签订合同时使用的印章，能够代表企业的意志，并表明企业对合同内容的认可和愿意受其约束。因此，在一般情况下，合同上加盖合同专用章后，合同即依法成立且有效。

二、针对您问题的具体分析

1. 合同约定与实际操作：

   • 您提到合同中明确注明了“盖公章后合同生效”。这是一个特定的生效条件，意味着按照合同字面意思，只有加盖公章，合同才满足生效要件。
   • 然而，对方实际加盖的是合同专用章。在常规商业实践中，合同专用章通常被视为具有与公章相似的法律效力，尤其是在没有特定法律或合同条款明确排除其效力的情况下。

2. 法律效力判断：

   • 如果合同中没有明确排除合同专用章的效力，且该印章确实代表了企业的真实意志，那么加盖合同专用章通常应被视为满足了合同的生效条件。
   • 但如果合同中有明确且严格的条款规定“必须加盖公章”，那么仅加盖合同专用章可能不符合这些约定的生效要件，从严格意义上讲，合同可能因此未生效。不过，这种情况在实际操作中较为少见，且可能引发争议。

3. 实际操作建议：

   • 沟通确认：首先，建议您与对方进行沟通，确认对方加盖合同专用章的意图，并了解该印章在对方企业中的法律地位和效力。
   • 合同审查：仔细审查合同中的其他条款，特别是关于生效条件的约定，以确定是否存在其他可能影响合同效力的因素。
   • 法律咨询：如有必要，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以更准确地评估合同的法律效力和潜在风险。

三、总结与建议

虽然合同中注明了“盖公章后合同生效”，但对方加盖合同专用章在大多数情况下仍应被视为具有法律效力。然而，为了确保合同的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险，我建议您采取上述沟通确认、合同审查和法律咨询等步骤。如果合同中有明确且严格的生效条件约定，且对方无法满足这些条件，那么您可能需要考虑与对方协商修改合同或采取其他法律措施来保护自己的权益。