领导只对三人中的两人进行罚款而未对第三人罚款的行为，是否违法需分情况讨论：

1. 若罚款行为缺乏合法依据
   根据《行政处罚法》及《劳动合同法》相关规定，用人单位或个人（非行政机关）无权自行设定罚款权。若领导以“内部规定”为由对员工罚款，但该规定未经民主程序制定、未公示或内容违法（如超出法定范围），则罚款行为本身即违法。此时无论是否对全员执行，均构成对劳动者权益的侵害。

2. 若罚款行为有合法依据但执行不公
   即使单位存在合法有效的规章制度（如经民主程序制定、内容合法且公示），领导在执行时也需遵循“平等对待”原则。若三人行为性质相同（如均违反同一考勤制度），但仅对两人罚款而放任第三人，可能涉嫌滥用职权或歧视性对待。此时虽不直接导致罚款制度违法，但受处罚员工可主张领导行为违反公平原则，要求单位纠正或赔偿损失。

3. 若第三人存在法定免罚情形
   若第三人未被罚款是因其行为符合法定免责条件（如首次轻微违规且未造成损失、已及时纠正等），而其他两人不符合，则领导的行为可能具有合理性。但单位需举证证明免罚依据充分，否则仍可能面临“同案不同罚”的质疑。

建议行动：

• 若您是受处罚员工，可要求单位出示罚款依据（如规章制度条款、违规证据等），核查其合法性及执行公平性；
  
• 若单位无法提供合法依据或执行明显不公，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款、赔偿损失等；
  
• 若您是单位方，需立即审查罚款制度的合法性及执行流程，避免因个别领导随意处罚引发群体性纠纷。
  

温馨提示：法律问题需结合具体证据判断，如有进一步细节（如罚款金额、违规情形、单位性质等），可随时向我补充说明，我会为您详细分析。