结论：关于休息日上班已发100工资，主张200时是否还扣减的问题，这主要取决于休息日上班的性质以及公司工资支付的相关规定。一般来说，如果休息日上班属于加班，且公司未安排补休，那么员工有权主张按照不低于工资的百分之二百的标准支付工资报酬，此时已发的100元可能只是部分支付，主张200元时通常不会扣减已发部分，但具体还需根据实际情况和公司规定来判断。
分析：
休息日上班的性质：
- 如果休息日上班是公司安排的加班，且未安排补休，那么根据《劳动法》的相关规定，员工有权主张加班费。加班费的标准通常是不低于工资的百分之二百。
- 如果休息日上班是员工自愿的，或者公司已经安排了补休，那么可能就不涉及加班费的问题。
公司工资支付的规定：
- 公司可能有自己的工资支付规定，包括加班费的计算方式和支付时间等。这些规定通常会在公司的规章制度或者劳动合同中明确。
- 如果公司规定休息日上班只支付一定比例的工资（如100元），而员工主张按照法定标准（如200元）支付，那么就需要看公司的规定是否合法以及员工是否有权主张更高的标准。
已发工资与主张工资的关系：
- 如果公司已经支付了部分工资（如100元），而员工主张更高的工资（如200元），那么通常不会扣减已发的部分。但是，具体是否扣减还需看公司的规定和实际情况。
- 如果公司规定或者实际情况表明已发的100元是预支或者部分支付，那么员工在主张200元时，公司可能会要求扣除已发的部分，或者将已发的部分计入总支付金额中。
建议：
- 查看公司规定：首先，建议员工查看公司的规章制度或者劳动合同，了解公司关于休息日上班和加班费支付的具体规定。
- 与公司沟通：如果员工认为自己的权益受到了侵害，可以与公司进行沟通，说明自己的主张和依据，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以寻求法律援助，向当地的劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例计算（假设情况）：
- 假设员工的日工资为100元，休息日上班未安排补休，按照法定标准应支付200元加班费。
- 如果公司已经支付了100元，员工主张剩余的100元，那么公司通常不会扣减已发的100元，而是应支付剩余的100元，使总支付金额达到200元。
注意事项：
- 具体情况可能因公司规定、地区差异等因素而有所不同，因此员工在主张自己的权益时，应结合实际情况和公司规定来判断。
- 如果员工对公司的规定或者支付情况有疑问，建议及时咨询专业律师或者劳动监察部门，以获取更准确的法律意见和帮助。
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