结论：个人投资在集体土地上办理了集体企业营业执照后将土地或厂房出租，政府征收时是否应给予承租人补偿，需根据具体情况判断，若承租人因征收导致实际损失且符合法定补偿条件，则有权获得相应补偿；若不符合法定条件或合同无约定，则可能无法获得补偿。以下从不同角度详细分析：

一、法律背景与补偿原则

1. 征收补偿的法定性
   根据《土地管理法》及《国有土地上房屋征收与补偿条例》（虽针对国有土地，但集体土地征收可参照其补偿原则），征收补偿需以“公共利益需要”为前提，且补偿范围通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物及青苗补偿费等。若承租人因征收导致租赁物灭失或无法继续使用，其损失可能属于补偿范围。

2. 承租人权益的认定

   • 合同约定优先：若租赁合同中明确约定征收时承租人有权获得补偿（如装修损失、停产停业损失等），则政府或征收方需按合同履行。
     
   • 法定补偿情形：即使合同未约定，若承租人实际投入资金建设附属设施（如厂房、设备）或因征收导致停产停业，根据《民法典》及地方性法规，可能被认定为“实际使用人”而获得部分补偿。

二、承租人可能获得补偿的情形

1. 地上附着物补偿
   若承租人自行出资建设了厂房、设备等附着物，且未被纳入土地补偿范围，根据《土地管理法实施条例》第32条，附着物补偿应归实际所有权人（即承租人）所有。

2. 停产停业损失补偿
   若承租人合法经营且因征收导致停产停业，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条，可要求征收方补偿停产停业损失（通常按营业收入、利润等标准计算）。集体土地征收中，部分地方性法规（如《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》）也明确规定了此类补偿。

3. 搬迁费用补偿
   若承租人需搬迁设备或物资，可要求征收方支付合理搬迁费用。

三、承租人可能无法获得补偿的情形

1. 合同排除补偿条款
   若租赁合同中明确约定“征收时承租人不得主张任何补偿”，且该条款不违反法律强制性规定，则承租人可能无法获得补偿。但需注意，若条款显失公平（如承租人投入大量资金但未获任何补偿），可能被法院认定为无效。

2. 承租人未实际投入或违法建设

   • 若承租人未对租赁物进行实质性改造或建设，仅支付租金，则可能不被认定为“实际使用人”，无法获得补偿。
     
   • 若承租人建设的附着物属于违法建筑（如未取得规划许可），则可能无法获得补偿，甚至面临强制拆除。

3. 征收程序违法或补偿方案不合理
   若征收方未依法履行公告、听证等程序，或补偿标准明显低于市场价值，承租人可通过行政复议或诉讼主张权利，但需以“利害关系人”身份参与，且需证明自身损失与征收行为的因果关系。

四、法律建议

1. 审查租赁合同
   承租人应首先审查租赁合同中关于征收补偿的约定，明确自身权利义务。若合同未约定或约定不明，可要求出租人协助与征收方协商补偿方案。

2. 收集证据材料
   承租人需收集以下证据以支持补偿主张：

   • 租赁合同、租金支付凭证；
     
   • 附着物建设审批文件、投入资金证明（如发票、合同）；
     
   • 停产停业损失证明（如财务报表、税务记录）；
     
   • 征收公告、补偿方案等政府文件。

3. 协商或诉讼途径

   • 协商：承租人可与出租人、征收方共同协商补偿方案，争取达成一致。
     
   • 诉讼：若协商无果，承租人可向法院提起行政诉讼（针对征收行为）或民事诉讼（针对出租人违约），主张补偿权利。

总结：政府征收时是否应给予承租人补偿，需结合合同约定、承租人实际投入、征收程序及地方性法规综合判断。承租人应积极收集证据，通过协商或诉讼维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。