针对您提出的“企业以租代征集体建设用地后续怎么办”的问题，这是一个涉及土地管理和法律合规的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，“以租代征”集体建设用地，即擅自将农民集体所有的土地的使用权通过租赁方式用于非农业建设，是违反《土地管理法》及相关规定的。根据《土地管理法》第六十三条，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。
对于已经发生的“以租代征”行为，后续处理应遵循以下原则和步骤：
限期改正：
- 县级以上人民政府土地行政主管部门有权责令限期改正此类违法行为，即要求企业停止非法使用土地，并恢复土地原状。
没收违法所得并处罚款：
- 根据《土地管理法》第八十一条，擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设的，除了限期改正外，还将没收违法所得，并处以罚款。
土地返还：
- 国土资源部门在纠正“以租代征”行为后，应当将土地返还原土地承包经营权人。这是保护农民集体和农户合法权益的重要措施。
依法补偿：
- 如果确实需要将土地依法征收或者改为建设用地，那么必须依法对原土地承包经营权人进行补偿。补偿标准应按照违法用地期间的最高标准支付，以确保农民的合法权益不受损害。
补办用地手续：
- 对于确需补办用地手续的建设项目，必须附具对违法违规案件和有关责任人的处理意见及落实情况。同时，征地补偿费用、耕地开垦费等应按违法用地期间最高标准支付和缴纳。
做好群众工作：
- 在处理“以租代征”问题的过程中，有关地方应做好群众工作，确保农民集体和农户的合法权益得到充分保护，避免引发社会矛盾和不稳定因素。
综上所述，企业以租代征集体建设用地是违法的，后续处理应遵循限期改正、没收违法所得并处罚款、土地返还、依法补偿、补办用地手续以及做好群众工作等原则和步骤。建议您企业尽快与当地土地行政主管部门沟通，了解具体处理方案，并积极配合整改工作，以避免进一步的法律风险和损失。