针对“土地以租代征自然管理局的处理方式”，核心结论如下：自然管理局会依法查处此类违法行为，具体处理方式包括责令限期改正、没收违法所得、罚款，并可能要求恢复土地原状；若涉及犯罪，还将移送司法机关追究刑事责任。以下是详细分析：

1. “以租代征”的违法性认定
   “以租代征”是指通过租赁农村集体土地的方式，规避法定农用地转用和土地征收审批程序，直接将农用地转为建设用地使用的行为。根据《土地管理法》第四十四条、第四十五条，农用地转为建设用地必须依法办理审批手续，未经批准擅自改变土地用途的，属于违法行为。自然管理局（原国土资源局）作为土地行政主管部门，有权对此类行为进行查处。

2. 自然管理局的具体处理措施

   • 责令限期改正：自然管理局会向违法主体（如村委会、企业或个人）发出《责令改正违法行为通知书》，要求其停止“以租代征”行为，并在规定期限内恢复土地原状或补办合法用地手续。
     
   • 没收违法所得：若违法主体通过“以租代征”获取了租金、转让费等收益，自然管理局可依据《土地管理法》第七十九条，没收其违法所得。
     
   • 罚款：对拒不改正或情节严重的，自然管理局可并处罚款，罚款标准通常为违法所得的10%-50%，或按非法占用土地面积处以每平方米100元以下的罚款（具体依据《土地管理法实施条例》第五十七条）。
     
   • 恢复土地原状：若土地已被破坏（如硬化、建设），自然管理局可要求违法主体拆除地上建筑物、恢复耕种条件，并可能联合农业农村部门监督复垦。
     
   • 移送司法机关：若“以租代征”行为涉及非法占用农用地罪（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），自然管理局会将案件移送公安机关，追究刑事责任（《刑法》第三百四十二条）。

3. 对不同主体的处理差异

   • 对村委会的处理：若村委会主导“以租代征”，自然管理局除处罚外，还可能通报上级政府，建议追究相关责任人（如村干部）的行政责任。
     
   • 对企业的处理：企业作为用地方，若明知土地未合法征收仍参与“以租代征”，可能被认定为共同违法，面临与村委会同等的处罚；若企业通过欺骗手段获取土地，还可能涉及合同诈骗等刑事责任。
     
   • 对个人的处理：个人若出租自家承包地用于非农建设，自然管理局会责令改正；若个人参与组织“以租代征”，则可能被认定为直接责任人，面临更严厉处罚。

4. 后续监督与救济途径

   • 监督执行：自然管理局会跟踪整改情况，若违法主体未在期限内履行义务，可申请法院强制执行。
     
   • 行政复议与诉讼：若违法主体对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但复议或诉讼期间不停止处罚执行。
     
   • 土地权益保护：若农民因“以租代征”失去土地，可要求返还土地或主张赔偿；若土地已被征收，可依法主张补偿（但“以租代征”本身不产生合法征收效力）。

温馨提示：若您涉及“以租代征”相关纠纷（如作为出租方、承租方或受影响村民），建议携带土地合同、付款凭证等材料，直接向我咨询具体维权策略。我会结合案件细节，为您分析法律风险及应对方案。