结论前置：单位被合并后，原协议（这里主要理解为原单位的债务或合同义务）一般由合并后的法人或其他组织概括承受。具体处理方式需根据协议性质、合并类型及法律规定来确定，同时需履行通知与公告债权人的义务。

详细分析：

1. 协议承继原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六十七条的规定，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。这意味着，如果原单位有债务或合同义务，这些义务将自动转由合并后的新单位负责。例如，若原单位与某供应商签订了采购合同，合并后，该合同的权利和义务将由新单位继续履行。

2. 通知与公告债权人的义务：

   • 在单位合并过程中，合并各方必须依法履行通知和公告债权人的义务。这是为了保障债权人的知情权，使其能够及时了解到单位合并的情况，并在规定的期限内要求公司清偿债务或提供相应的担保。具体来说，合并各方应自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并在三十日内于报纸上发布公告。债权人接到通知书之日起三十日内，或未接到通知书则自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

3. 不同类型协议的处理：

   • 债务协议：如前所述，债务将由合并后的单位承担。如果债务有特定的担保或抵押，这些担保或抵押也将随之转移给新单位。
   • 合同协议：对于正在履行的合同，合并后的单位应继续履行。如果合同中有关于合并、分立或变更的条款，应按照这些条款来处理。如果没有相关条款，且合同相对方不同意变更合同主体，那么合并后的单位可能需要与合同相对方协商解决，或者承担违约责任。
   • 劳动合同：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，员工的劳动合同不会因单位合并而自动终止，而是由新单位继续履行。

4. 法律程序的保障：

   • 如果合并后的单位不履行原协议中的义务，或者存在其他争议，相关方可以通过法律途径来维护自己的合法权益。这包括但不限于协商、调解、仲裁以及诉讼等方式。在处理这些争议时，应严格遵循相关法律法规的规定，确保各方的合法权益得到充分保障。

总结与建议： 单位被合并后，原协议的处理需根据协议性质、合并类型及法律规定来确定。合并各方应积极履行通知和公告债权人的义务，确保债权人的知情权得到保障。同时，合并后的单位应继续履行原协议中的义务，如债务偿还、合同履行等。如果遇到任何争议或问题，建议及时向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。