法人单位被合并后，公章应当及时上缴并销毁，或根据合并协议及工商登记要求进行妥善处理。具体处理方式需结合合并类型、协议约定及法律规定综合判断，以下是详细说明：

1. 公章的法律属性与合并后的处理原则
   公章是法人单位对外行使权利、承担义务的法定凭证，具有法律效力。根据《公司法》《市场主体登记管理条例》等规定，法人单位合并后，原主体资格消灭（吸收合并）或新设主体取得资格（新设合并），原公章均需依法处理，不得继续使用或私自留存，否则可能构成伪造公司印章罪（《刑法》第280条）或引发表见代理等民事纠纷。

2. 不同合并类型下的公章处理方式

   • 吸收合并（A公司并入B公司，A注销）：
     A公司公章需在合并登记完成后立即停止使用，并由B公司负责收回、封存或销毁。实践中，需向公安机关备案并办理公章注销手续，同时在新设或变更后的营业执照上加盖新公章，确保对外文件效力衔接。
     
   • 新设合并（A、B公司合并为C公司，A、B注销）：
     A、B公司公章均需注销，C公司需重新刻制公章并办理备案。合并协议中应明确公章交接、销毁的责任方及时间节点，避免因公章管理混乱导致第三方权益受损。

3. 合并协议中的公章处理条款
   若合并协议中已约定公章处理方式（如由某方统一保管、销毁或移交工商部门），需严格按协议执行。例如，协议可能要求“合并完成后30日内，双方将原公章交由第三方机构销毁并出具证明”，此类条款具有合同效力，违反可能构成违约。

4. 未依法处理公章的法律风险

   • 刑事风险：私自留存或使用原公章签订合同、出具文件，可能被认定为“伪造公司印章罪”，尤其当行为导致他人经济损失时，风险更高。
     
   • 民事风险：若原公章被用于恶意担保、借款等行为，合并后的存续公司或新设公司可能因“表见代理”规则承担连带责任，除非能证明第三方明知合并事实或存在重大过失。

5. 实务建议

   • 合并前：在合并协议中明确公章处理方式、责任方及时间节点，并约定违约责任。
     
   • 合并中：及时向公安机关备案公章注销/新刻事宜，留存交接、销毁的书面证据（如销毁证明、照片、视频等）。
     
   • 合并后：通过公告、通知等方式向合作伙伴、客户等第三方告知公章变更情况，避免因信息不对称引发纠纷。

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