针对您提出的事业单位因合并注销后公章如何处理的问题，这通常涉及到事业单位印章管理的相关规定。虽然不同地区的具体规定可能略有差异，但一般来说，处理流程大致相似。以下是一个基于普遍规定的详细解答：
一、公章收缴
当事业单位因合并等原因需要注销时，其名称印章和专用印章（如财务章、合同章等）应当由相关的监督管理机构或登记管理机关进行收缴。这是为了确保印章不被滥用，保护事业单位的合法权益，同时维护经济社会秩序。
二、收缴流程
- 提交印章：事业单位在办理注销登记时，应主动将所有印章提交给监督管理机构或登记管理机关。
- 填写凭证：监督管理机构或登记管理机关在收缴印章时，会填写《收缴事业单位印章凭证》，并登记造册，以记录印章的收缴情况。
三、特殊情况处理
- 印章遗失或损坏：如果事业单位的印章在注销前已经遗失或损坏，应在报刊上发布印章作废或遗失声明，并将声明证明和监督管理机构或登记管理机关出具的《收缴事业单位印章凭证》（如适用）作为依据，进行后续处理。
- 暂时保留印章：在极少数特殊情况下，如果事业单位因合并注销后，因某些未结束事项需要暂时保留原名称印章，可以填写《事业单位印章封存申请表》，承诺保留时限，并经举办单位负责人签字、盖公章，以及原事业单位法定代表人签字后，与印章一并上交监督管理机构或登记管理机关办理封存手续。但保留封存时限一般不超过2年，且封存印章仅限于原事业单位名称变更、注销登记核准之日前的未结束事项使用。
四、印章销毁
收缴的印章最终会由监督管理机构或登记管理机关送交公安机关进行销毁。这是为了确保印章不会被再次使用，从而避免潜在的法律风险。
五、地区差异说明
需要注意的是，不同地区的事业单位印章管理规定可能略有差异。例如，山东省和天津市就有各自的事业单位印章管理办法。因此，在处理具体问题时，建议事业单位先查阅当地的相关规定或咨询当地的监督管理机构或登记管理机关，以确保处理流程的合规性。
六、建议
- 提前咨询：在事业单位合并注销前，建议提前咨询当地的监督管理机构或登记管理机关，了解具体的印章处理流程和要求。
- 妥善保管：在注销过程中，应妥善保管所有印章，避免遗失或损坏。
- 配合工作：积极配合监督管理机构或登记管理机关的工作，按照要求提交印章和相关材料。
综上所述，事业单位因合并注销后，其公章应当由相关的监督管理机构或登记管理机关进行收缴并最终销毁。在处理过程中，应遵循当地的相关规定和要求，确保处理流程的合规性。