在司法实践中，若一方不同意以现有材料推断死亡原因进行鉴定，法院会根据具体情况采取不同的处理方式，以下是详细分析：

1. 审查现有材料的充分性与可靠性
   法院首先会审查现有材料是否足以支持死亡原因推断。例如，若现有材料包括完整的医疗记录、现场勘验报告、证人证言等，且这些材料之间能够形成完整的证据链，法院可能认为现有材料已具备鉴定条件。此时，若一方仍拒绝配合，法院可能依据《民事诉讼法》第六十七条，认定其承担举证不能的不利后果，即推定对方主张的死亡原因成立。
   若现有材料存在明显缺陷（如关键证据缺失、矛盾点未解决），法院可能认为直接推断死亡原因缺乏科学性，此时会要求补充材料或委托专业机构进行补充鉴定。例如，若死亡时间、环境等关键信息缺失，法院可能要求补充尸检报告或环境检测报告。

2. 启动补充鉴定或重新鉴定程序
   若现有材料不足以支持推断，法院可能根据《司法鉴定程序通则》第三十条，要求鉴定机构出具补充鉴定意见，或委托其他鉴定机构进行重新鉴定。此时，法院会向拒绝配合的一方释明法律后果：若其仍拒绝提供必要材料或配合鉴定，法院可能直接采纳对方提供的证据，或依据现有材料作出对其不利的认定。
   例如，在医疗纠纷中，若患方拒绝尸检导致死亡原因无法查明，法院可能根据《医疗事故处理条例》第十八条，认定患方承担主要责任。

3. 综合运用其他证据规则
   若鉴定无法进行，法院会转向其他证据规则。例如，依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第九十五条，若一方控制证据无正当理由拒不提交，法院可推定对方主张成立。此外，法院可能结合生活经验法则（如死亡现场的痕迹、死者生前健康状况等）进行综合判断。
   例如，在交通事故中，若死者无明显外伤但车辆严重损毁，法院可能结合车辆碰撞痕迹推断死亡原因与交通事故直接相关。

4. 特殊情形下的处理

   • 刑事案件中的处理：在刑事案件中，若死亡原因涉及定罪量刑（如故意杀人、过失致人死亡），法院会严格审查鉴定必要性。若现有材料无法满足刑事证明标准（“排除合理怀疑”），法院可能要求公安机关补充侦查，或以“事实不清、证据不足”为由作出无罪判决。
     
   • 民事案件中的处理：在民事案件中，法院可能降低证明标准（“高度盖然性”），结合其他证据综合认定死亡原因。例如，在继承纠纷中，若一方主张死者因意外死亡，但拒绝配合鉴定，法院可能结合死者生前行为、现场环境等，判断其主张是否成立。

总结：法院会优先审查现有材料的充分性，若材料充足且对方无正当理由拒绝，可能直接采纳推断结果；若材料不足，会启动补充鉴定或综合其他证据规则；在刑事案件中，若鉴定无法进行且影响定罪，可能作出无罪判决。具体处理需结合案件性质、证据情况及法律规定综合判断。

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