当被告不同意鉴定方案时，这确实是一个需要细致处理的问题，因为司法鉴定在诉讼中往往扮演着关键角色，其结论可能直接影响案件的判决结果。以下是我为您整理的详细处理建议：
一、明确异议原因
首先，被告需要明确自己不同意鉴定方案的具体原因。这可能涉及鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质、鉴定人员的专业性、鉴定方法的科学性，或者是鉴定结论与案件事实的关联性等方面。只有明确了异议的具体点，才能有针对性地提出后续的处理措施。
二、提出书面异议
在收到鉴定方案或鉴定意见后，被告应及时向法庭提交书面异议。在异议中，应详细阐述不同意的理由，包括但不限于上述提到的各个方面。书面异议是被告表达异议、维护自身权益的重要方式，也是法庭审查鉴定方案合法性和合理性的重要依据。
三、申请重新鉴定或补充鉴定
申请重新鉴定：如果被告认为原鉴定方案存在严重问题，如鉴定机构或人员不具备资格、鉴定程序严重违法、鉴定结论依据不足等，可以向法庭提出重新鉴定的申请。在申请中，应说明重新鉴定的理由和目的，并附上相关证据材料。法庭将审查申请，判断是否有必要启动重新鉴定程序。
申请补充鉴定：如果原鉴定方案存在遗漏关键信息或部分内容不完整的情况，被告可以提出补充鉴定的申请。在申请中，应指出遗漏点及其重要性，并说明补充鉴定的必要性和可行性。法庭审核通过后，将安排原鉴定机构或指定其他合适机构进行补充鉴定。
四、申请鉴定人出庭作证并质证
被告还可以向法院申请鉴定人出庭作证。如果法院认为有必要时，会通知鉴定人出庭。在庭审中，被告可以就鉴定机构和人员的资质、鉴定程序的合法性、鉴定依据和方法的科学性等方面对鉴定人进行质证。通过面对面交流和质疑，被告可以更直接地展示原鉴定方案可能存在的问题。
五、提供相反证据予以反驳
除了上述途径外，被告还应积极收集能反驳鉴定结论的证据。这可能包括新证人证言、其他专业机构的不同意见报告等。在规定时间内将证据提交给法庭，并在庭审中进行充分阐述和说明，以削弱原鉴定结论的证明力。
六、从法律角度质疑并尊重判决
被告还可以从法律角度对鉴定方案进行质疑，如检查鉴定结论是否超出鉴定机构业务范围，或鉴定人员是否具备资格等。若发现问题，可向法院提出异议，要求不予采信鉴定结论。但无论结果如何，被告都应尊重法院的判决和司法鉴定的权威性，避免过激行为。如果对一审法院判决不服，可以在法定期限内向上级法院提出上诉，继续就司法鉴定问题提出观点和理由。
综上所述，当被告不同意鉴定方案时，应通过合法途径积极表达异议并参与后续程序。通过明确提出书面异议、申请重新鉴定或补充鉴定、申请鉴定人出庭作证并质证、提供相反证据予以反驳以及从法律角度质疑等方式，确保自身权益得到充分保障。