被告不同意原告的主张又不同意鉴定时，法院会根据具体情况和相关法律规定进行处理，以下分情况详细说明：

1. 民事诉讼中的处理

   • 原告申请鉴定，被告不同意：

     • 法院会首先审查鉴定的必要性。若法院认为鉴定对于查明案件关键事实是不可或缺的，即使被告不同意，法院也有权依职权决定进行鉴定。这是基于《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十条的规定，即“人民法院在审理案件过程中认为待证事实需要通过鉴定意见证明的，应当向当事人释明，并指定提出鉴定申请的期间。符合《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十六条第一款规定情形的，人民法院应当依职权委托鉴定”。
     • 若被告无正当理由拒不配合鉴定，法院可能根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，推定原告主张的相关事实成立。这通常发生在被告的行为阻碍了案件事实的查明，且没有合理理由的情况下。

   • 被告申请鉴定被法院准许，原告不同意：

     • 在此情况下，若原告拒绝配合鉴定，法院同样会根据具体情况作出对其不利的推定。因为鉴定程序的进行需要双方当事人的配合，任何一方的无理拒绝都可能影响案件事实的查明。

2. 被告提出异议的具体途径

   • 提出书面异议：被告应在收到鉴定意见后及时向法庭提交书面异议，详细阐述不同意的理由。这是被告行使自己权利的重要方式，也是法院了解被告意见的重要途径。
   • 申请重新鉴定：如认为原鉴定存在严重问题，如鉴定机构资质不符、鉴定人员专业能力不足、鉴定过程违规等，被告可向法庭申请重新鉴定。重新鉴定应由双方共同认可或法院指定的鉴定机构进行，以确保鉴定的公正性和准确性。
   • 请求法庭调查核实：被告有权请求法庭对鉴定机构的资质、鉴定人员的专业能力以及鉴定过程的合规性进行调查核实。这是被告对鉴定意见提出质疑并寻求法庭支持的重要方式。
   • 参与庭审质证：在庭审阶段，被告可对鉴定意见进行质证，通过提问、辩论等方式揭示其可能存在的问题。被告还可邀请专家辅助人出庭发表专业意见，以支持自己的观点。

3. 遵守法庭决定与后续行动

   • 无论被告是否同意鉴定意见，最终都需遵守法庭的决定。如法庭采纳了鉴定意见作为判决依据，被告应按判决要求履行相应义务。这是维护法律尊严和法庭权威的必要要求。
   • 被告在处理司法鉴定异议时应注重保留证据，及时收集与鉴定相关的所有材料以备不时之需。这些证据可能包括鉴定机构的资质证明、鉴定人员的专业资格证书、鉴定过程的记录等。
   • 如需专业支持，被告可聘请律师或相关领域的专家提供帮助和咨询。他们可以提供专业的法律意见和技术支持，帮助被告更好地应对鉴定异议问题。

总结与建议：

在面对原告的主张和鉴定申请时，被告应充分了解自己的权利和义务，积极通过合法途径表达异议并参与后续程序。通过提出书面异议、申请重新鉴定、请求法庭调查核实以及积极参与庭审质证等方式，确保自身权益得到充分保障。同时，被告也应遵守法庭的决定并寻求必要的专业支持，以更好地应对诉讼挑战。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。