市场监管部门查出有过期商品，一般会根据具体情况依法进行以下处理：

1. 责令改正与警告
   根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条及《产品质量法》相关规定，市场监管部门首先会要求商家立即下架、停止销售过期商品，并发出书面警告。这是针对首次违规或情节较轻的常见处理方式，目的是督促商家及时整改。

2. 没收违法所得与过期商品
   若商家已销售部分过期商品，监管部门会依法没收违法所得（即销售过期商品的收入），并查封、扣押剩余过期商品，防止其继续流入市场。这一措施旨在切断违法行为的利益链条。

3. 罚款处罚
   罚款金额根据商品类型、违法情节严重程度及商家主观过错等因素综合判定：

   • 食品类：根据《食品安全法》，货值金额不足1万元的，处5万-10万元罚款；货值金额1万元以上的，处货值金额10倍-20倍罚款。
     
   • 非食品类：根据《产品质量法》，一般处货值金额等值以上3倍以下罚款；情节严重的，吊销营业执照。
     例如：若一家超市销售过期饮料，货值金额5000元，可能面临5万-10万元罚款；若销售过期药品，罚款可能更高。

4. 情节严重时的升级处罚
   若商家存在以下情形，可能面临更严厉处罚：

   • 多次违规或拒不整改；
     过期商品导致消费者健康损害（如食物中毒）；
     
   • 故意篡改生产日期、保质期等行为。
     此时可能涉及吊销许可证、责令停业整顿，甚至追究刑事责任（如生产销售不符合安全标准食品罪）。

5. 信用惩戒与公示
   市场监管部门会将违法商家列入“经营异常名录”或“严重违法失信名单”，并通过国家企业信用信息公示系统向社会公示。这会影响商家贷款、招投标、政府采购等资格，形成长期信用约束。

对商家的建议：

• 立即自查库存，建立过期商品预警机制（如设置电子台账、定期盘点）；
  
• 保留进货凭证、销售记录等证据，以便在处罚时主张从轻情节（如初犯、主动召回）；
  
• 若对处罚有异议，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

对消费者的提示：
若因食用过期商品受损，可要求商家赔偿医疗费、误工费等损失；若商家拒赔，可向市场监管部门投诉或直接起诉。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。