若矿泉水过期被市场监督管理部门检查，核心处理方式是积极配合调查，并视情况采取整改、申诉或接受处罚等措施。具体分析如下：
一、市场监督管理部门检查过期矿泉水的法律依据与目的
市场监督管理部门对过期食品（包括矿泉水）的检查，主要依据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规。其目的在于保障食品安全，维护消费者权益，防止过期食品流入市场，对公众健康造成潜在威胁。
二、被检查后的处理流程
配合调查：
- 当市场监督管理部门发现过期矿泉水时，首先会要求商家提供相关证据，如进货记录、销售记录等，以确认过期食品的来源和销售情况。
- 商家应积极配合调查，如实提供所需资料，不得隐瞒或伪造证据。
整改措施：
- 根据调查结果，市场监督管理部门会要求商家立即下架过期矿泉水，并停止销售。
- 商家需对库存进行全面检查，确保无其他过期食品存在。
- 同时，商家应加强内部管理，完善进货查验和销售记录制度，防止类似事件再次发生。
处罚与申诉：
- 如果商家确实存在销售过期矿泉水的行为，市场监督管理部门将依法对其进行处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
- 商家对处罚决定有异议的，可以在规定时间内提出申诉或申请行政复议，甚至提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
三、商家应如何避免类似情况发生
加强库存管理：
- 定期对库存进行盘点，确保食品在保质期内销售。
- 对临近保质期的食品进行特别标识，并采取促销、捐赠等方式及时处理。
完善进货查验制度：
- 严格审查供应商的资质和产品质量，确保进货的食品符合安全标准。
- 保留好进货记录和相关凭证，以备查验。
提高员工法律意识：
- 定期对员工进行食品安全法律法规的培训，提高其法律意识和责任意识。
- 确保员工了解并遵守相关食品安全规定，防止因疏忽大意而导致违法行为的发生。
四、特殊情况处理
如果过期矿泉水未销售：
- 若商家能证明过期矿泉水尚未销售，且已采取有效措施防止其流入市场，市场监督管理部门可能会根据具体情况减轻或免除处罚。
如果过期矿泉水已销售但未造成危害：
- 即使过期矿泉水已销售，但若未造成消费者健康损害或其他严重后果，商家仍需承担相应的法律责任，但处罚可能会相对较轻。
如果过期矿泉水已销售且造成危害：
- 若过期矿泉水已销售并导致消费者健康损害或其他严重后果，商家将面临更严厉的处罚，并需承担相应的民事赔偿责任。