结论前置：员工入职时应直接签订劳动合同，而非单独签订试用期合同。试用期应包含在劳动合同期限内，这是法律规定的强制性要求，也是保障双方权益的重要措施。
一、法律规定解析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，我们可以明确以下几点：
劳动合同期限与试用期的关系：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月；
- 以完成一定工作任务为期限的劳动合同或者劳动合同期限不满三个月的，不得约定试用期。
试用期包含在劳动合同期限内：
- 试用期并非独立于劳动合同之外的阶段，而是劳动合同的一部分。因此，用人单位在招聘新员工时，应直接与其签订劳动合同，并在合同中明确约定试用期（如需）。
二、单独签订试用期合同的弊端
违反法律规定：
- 单独签订试用期合同可能被视为规避法律责任的行为，一旦发生劳动争议，用人单位可能面临法律风险，如支付双倍工资、被视为订立无固定期限劳动合同等。
劳动者权益受损：
- 单独签订试用期合同可能导致劳动者在试用期内无法享受与正式员工同等的待遇和保障，如社会保险、带薪年假等。同时，如果用人单位在试用期结束后无故解除劳动关系，劳动者可能难以维护自己的合法权益。
不利于建立稳定的劳动关系：
- 单独签订试用期合同可能让劳动者感到缺乏归属感和安全感，从而影响其工作积极性和忠诚度。长期来看，这不利于用人单位建立稳定、和谐的劳动关系。
三、正确做法与建议
直接签订劳动合同并约定试用期：
- 用人单位在招聘新员工时，应直接与其签订劳动合同，并根据实际情况在合同中明确约定试用期（如需）。这样既能确保劳动合同的合法性，又能保障劳动者的合法权益。
明确试用期条款：
- 在劳动合同中明确约定试用期的期限、工资待遇、考核标准等内容，以便双方共同遵守。这有助于减少劳动争议的发生，并保障双方的权益。
及时签订劳动合同的重要性：
- 用人单位应自用工之日起一个月内与劳动者订立书面劳动合同。若未按时签订，用人单位将面临支付双倍工资及视为订立无固定期限劳动合同等法律责任。
四、劳动者的应对策略
对于劳动者而言，入职时应积极配合用人单位完成劳动合同的签订，以确保自身权益得到明确保障。如果用人单位未在规定时间内与劳动者签订劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付未签劳动合同期间的双倍工资，并可通过合法途径（如向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁等）维护自身权益。
总结：员工入职时应直接签订劳动合同，并在合同中明确约定试用期（如需）。这是法律规定的强制性要求，也是保障双方权益的重要措施。用人单位和劳动者都应高度重视并严格遵守相关规定，以建立稳定、和谐的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。