劳务公司悄悄扣了一部分生育津贴，这种行为一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

生育津贴是国家法律、法规规定对职业妇女因生育而离开工作岗位期间，给予的生活费用。根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在生育期间依法享受生育津贴，用人单位不得克扣或无故拖欠。劳务公司作为用人单位或用工单位（具体取决于劳务派遣关系中的角色），同样需要遵守这一规定。如果劳务公司未经女职工同意，擅自扣除部分生育津贴，就违反了法律法规的规定，女职工有权要求劳务公司补足差额，并可能依法追究其法律责任。

实际操作角度

在实际操作中，生育津贴的发放通常与女职工的产假天数、工资水平等因素有关。劳务公司在发放生育津贴时，应当按照相关规定和标准进行计算和发放。如果劳务公司认为需要扣除部分费用（如个人所得税、社会保险费等），应当在发放前明确告知女职工，并取得其同意。未经女职工同意擅自扣除，不仅违反了法律法规，也损害了女职工的合法权益。

应对建议

1. 与劳务公司沟通：首先，你可以尝试与劳务公司进行沟通，了解其扣除生育津贴的具体原因和依据。如果劳务公司无法提供合理的解释和依据，你可以要求其补足差额。
2. 向相关部门投诉：如果沟通无果，你可以向当地的劳动保障监察部门或社会保险经办机构投诉，寻求帮助和支持。这些部门有权对劳务公司的违法行为进行调查和处理，并保护你的合法权益。
3. 寻求法律援助：如果问题仍然无法解决，你可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。在必要时，你可以通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，劳务公司悄悄扣了一部分生育津贴是不合法的。作为女职工，你有权要求劳务公司按照法律法规的规定发放生育津贴，并保护自己的合法权益不受侵害。如果你遇到了类似的问题，可以按照上述建议进行应对和处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。