关于生育津贴中扣除公司代缴社保是否合法的问题，这实际上涉及到了生育津贴的发放原则、社保缴纳义务以及地方政策差异等多个方面。以下是我为您提供的详细解答：

一、生育津贴的发放原则与社保缴纳义务

生育津贴是国家法律规定对职业妇女因生育离开工作岗位期间给予的生活费用补偿，其发放主体是社保机构。根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位已经缴纳生育保险费的，其职工享受生育保险待遇，这包括生育医疗费用和生育津贴。同时，职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。

在女职工休产假期间，虽然她未实际从用人单位获取工资收入，但劳动关系依然存续。因此，用人单位和职工本人仍需按规定继续缴纳社会保险费。这意味着，个人应承担的社保部分仍需由个人负担，而单位则负责代扣代缴。

二、生育津贴中扣除个人社保部分的合法性

在大多数情况下，生育津贴发放时会扣除个人应承担的社保费用。这是因为生育津贴具有工资属性，是对女职工因生育离开工作岗位期间的工资性补偿。因此，在发放生育津贴时，用人单位需代扣代缴个人应承担的社保费用，这与正常工资发放时的处理方式是一致的。

例如，如果女职工每月的生育津贴为5000元，而她每月应承担的社保费用为300元，那么单位在发放生育津贴时，会扣除这300元的个人社保费用，实际发放到女职工手中的金额为4700元。同时，单位会将扣除的300元与单位应承担的社保部分一起缴纳至社保机构，以确保女职工社保的正常缴纳。

三、关于单位代缴社保与生育津贴的特殊情况

有一种特殊情况是，在女职工休产假期间，单位可能先行垫付了包括个人承担部分在内的社保费用。当生育津贴发放到单位后，单位从生育津贴中扣除员工个人应承担的社保费用是合理合法的。这是因为单位只是代为收缴原本就应由员工个人承担的社保费用，以保障社保缴费的连续性。

然而，单位不应从生育津贴中扣除其应承担的社保费用部分。生育津贴是对女职工因生育离开工作岗位期间的生活费用补偿，其目的是保障女职工产假期间的基本生活。单位为员工缴纳社保是其法定义务，不能将这部分成本转嫁到生育津贴上。

四、地方政策差异与建议

尽管上述原则在大多数地区适用，但需注意，不同地方可能存在特殊规定。例如，某些地方可能在计算生育津贴时考虑了个人的社保缴费情况，或者对生育津贴和社保缴费进行了特定关联。因此，在具体操作中，还需参考当地的相关法律法规和政策规定。

如果您对生育津贴的发放或社保缴纳有任何疑问或不确定之处，我建议您先了解所在地的相关法律法规和政策规定。如果用人单位存在多扣或违规扣除的情况，您可以与单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，生育津贴在发放时扣除个人社保部分是符合法律规定的普遍做法，但具体操作还需参考当地的相关法律法规和政策规定。希望我的解答能够对您有所帮助。