在甲方自建房全包给乙方的合同中，增值税的承担方并非由法律直接规定，而是取决于甲乙双方在合同中的具体约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的相关规定（虽原合同法已废止，但相关原则在《中华人民共和国民法典》中得以延续），合同双方有权在合同中自由约定各自的权利和义务，包括税费的承担。
   • 因此，甲乙双方可以在合同中明确约定增值税由甲方承担、乙方承担或双方按一定比例分担。

2. 增值税的法定性质：

   • 增值税是一种流转税，通常由销售方（在此情境下可视为乙方，如果乙方为销售或提供建筑服务的一方）在销售商品或提供服务时收取，并上缴给国家。
   • 然而，这并不意味着增值税必须由销售方承担。在实际操作中，销售方往往会通过提高销售价格的方式将增值税转嫁给购买方（即甲方）。

3. 合同中的常见约定：

   • 在建设工程合同中，双方可能会约定“包工包料”或“全包”等条款，这些条款通常涉及工程费用的总额以及是否包含税费。
   • 如果合同中明确约定了工程费用包含增值税，那么乙方在收取工程费用时就已经包含了增值税，实际上是由甲方承担了这部分税费。
   • 如果合同中没有明确约定，或者约定了由乙方承担增值税但乙方在报价时未将此考虑在内，那么可能会导致合同履行过程中的纠纷。

4. 法律建议：

   • 明确约定：为了避免纠纷，甲乙双方应在合同中明确约定增值税的承担方。这可以通过在合同中增加一条关于税费的条款来实现，例如：“本合同项下的工程费用包含增值税，由甲方承担/乙方承担/双方按XX比例分担。”
   • 审查合同：在签订合同前，双方应仔细审查合同条款，确保所有约定都清晰明确，没有歧义。
   • 咨询专业人士：如果双方对增值税的承担有疑问或无法达成一致意见，可以咨询专业的税务顾问或律师，以获取更准确的法律意见和税务建议。

5. 可能的法律后果：

   • 如果合同中没有明确约定增值税的承担方，且双方无法达成一致意见，那么可能会引发合同纠纷。
   • 在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构可能会根据合同法的相关规定、行业惯例以及双方的实际交易情况来综合判断增值税的承担方。

总结来说，增值税的承担方在甲方自建房全包给乙方的合同中并非固定不变，而是取决于双方的约定。因此，在签订合同时，双方应明确约定增值税的承担方，以避免后续纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。