关于您档案里有自动离职申请书如何计算工龄的问题，这确实是一个涉及多方面因素的综合考量。以下是我为您详细梳理的解答：
一、工龄计算的基本原则
工龄计算通常遵循连续计算法和合并计算法。连续计算法适用于职工在不同单位间正常调动的情况，工作时间应不间断地计算为连续工龄。而合并计算法则针对非主观原因造成的工作间断，扣除间断时间后，前后两段工作时间可合并计算工龄。
二、自动离职对工龄的影响
实行养老保险个人缴费制度之后：
- 自动离职的职工，其之前的实际工作年限和养老保险缴费年限通常会被认可。
- 离职后，若您继续按规定缴纳养老保险费，这些缴费年限可以累计计算，与工龄认定相关联。
实行养老保险个人缴费制度之前：
- 对于此期间的自动离职，工龄计算可能因地区政策而异。部分地方可能会根据具体情况，将自动离职前符合规定的工作时间计算为连续工龄；而另一些地方则可能不计算。
离职后再就业：
- 若您自动离职后立即找到新工作或返回原单位，且中间无间断，则工龄可连续计算。
- 若离职后有一段时间未工作，则该段时间通常不计入工龄。
三、特殊情况下的工龄认定
机关事业单位人员：
- 若您未经批准擅自离职，其离职前的工作时间通常不被计算为连续工龄。
- 若您按规定程序办理离职手续并重新就业，则离职前符合规定的工作年限可与重新就业后的工作年限合并计算为连续工龄。
因犯错被开除或辞职未被批准擅自离职：
- 这种情况下，您之前的工龄可能会受到影响，具体需根据当地政策和实际情况判断。
四、社保缴费与工龄认定的紧密联系
- 社保局在认定工龄时，主要依据社保记录的缴费年限。因此，您自动离职后的社保缴费情况对工龄认定至关重要。
- 即使您自动离职，只要您在离职后继续缴纳养老保险费，这些缴费年限仍然可以累计计算，并作为工龄认定的一部分。
五、建议与指导
咨询当地社保部门：
- 由于工龄计算涉及复杂的政策和历史背景，且各地规定可能存在差异，建议您咨询当地的社保部门或人力资源和社会保障机构，以获取最准确的信息。
查阅相关劳动合同及政策文件：
- 您可以查阅自己的劳动合同以及相关的政策文件，了解自动离职对工龄的具体影响。
保留相关证据：
- 若您认为自动离职是因用人单位的过错导致的，建议您妥善保留相关证据，如劳动合同、工资支付记录、离职原因证明等，以便在需要时维护自己的合法权益。
综上所述，自动离职的工龄认定是一个综合考量多种因素的复杂过程。为了确保准确了解自己的工龄情况，我建议您咨询当地的社保部门或人力资源和社会保障机构，并查阅相关劳动合同及政策文件。希望这些解答能对您有所帮助！