档案里有自动离职证明时，工龄的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 自动离职未获原单位认可且未办理正式离职手续
   若自动离职行为未被原单位正式认可（例如未签署离职协议、未完成工作交接或未办理社保减员手续），且劳动者未通过法律途径确认劳动关系解除的，原单位可能仍会主张劳动关系存续。此时工龄可能连续计算，但需以社保缴纳记录、工资发放凭证等证据佐证劳动关系实际存续状态。若原单位拒绝出具解除证明，劳动者可通过劳动仲裁要求确认劳动关系终止时间，进而明确工龄计算节点。

2. 自动离职后原单位出具离职证明并停缴社保
   若原单位已出具自动离职证明（如《解除/终止劳动合同证明书》）并办理社保减员手续，通常视为双方劳动关系已合法解除。此时工龄计算至离职证明载明的终止日期，后续重新就业的工龄从新单位入职日起算，前后工龄不连续。但需注意：若自动离职行为违反原单位规章制度（如未提前30日通知），原单位可能主张劳动者承担违约责任，但这不影响工龄的法定计算规则。

3. 自动离职后劳动者主张违法解除赔偿的特殊情形
   若劳动者以“自动离职证明系单位胁迫出具”或“单位违法解除”为由提起仲裁，要求撤销离职证明并恢复劳动关系，工龄计算可能因仲裁结果而调整。例如：若仲裁认定单位违法解除，劳动关系恢复后工龄连续计算；若认定离职有效，则工龄计算至离职日。此类情形需以生效仲裁裁决或法院判决为准。

实务建议：

• 劳动者应妥善保管离职证明、社保缴纳记录、工资流水等证据，以备工龄争议时举证；
  
• 若对自动离职证明的合法性存疑，可在1年内申请劳动仲裁，主张撤销或确认无效；
  
• 用人单位出具离职证明时，应明确劳动关系终止原因及时间，避免因表述模糊引发纠纷。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。