在综合工时制下，员工在法定节假日工作，用人单位确实需要按照不低于员工本人日或小时工资的300%支付加班工资。以下是对这一问题的详细解析：

一、综合工时制的基本概念

综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制而需连续作业的行业。这种制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，允许某一具体日（或周）的实际工作时间超过标准工作时间，但周期内总工作时间不得超过法定标准。

二、法定节假日加班工资的法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定是计算法定节假日加班工资的法律基础，同样适用于综合工时制下的员工。

三、三倍工资的具体计算方法

1. 确定日工资标准：

   • 日工资的计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数。
   • 月计薪天数通常为21.75天，这是依据原劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》得出的。

2. 计算法定节假日加班工资：

   • 法定节假日加班工资的计算公式为：法定节假日加班工资 = 日工资 × 300% × 法定节假日加班天数。

举例说明： 假设员工小张的月工资为6000元，他在某个法定节假日加班了1天。那么，他的日工资为6000 ÷ 21.75 ≈ 275.86元。因此，他应得的法定节假日加班工资为275.86 × 300% × 1 = 827.58元。

四、需注意的特殊情况与处理

1. 综合计算周期内工时未超标准：

   • 即使综合计算周期内总工时未超标，但法定节假日加班仍需按300%支付加班工资。这是因为法定节假日是员工的休息权利，用人单位安排工作需额外支付报酬。

2. 综合计算周期内工时超过标准：

   • 对于超过法定标准工作时间的部分，应按不低于小时工资的150%支付加班工资。但这与法定节假日的加班工资是分开计算的，不影响法定节假日加班工资的支付。

五、实际操作中的建议

1. 准确记录加班时间：

   • 用人单位应准确记录员工的加班时间，特别是法定节假日的加班时间，以便准确计算加班工资。

2. 及时支付加班工资：

   • 用人单位应按照法律规定及时支付员工的加班工资，避免拖欠或克扣。

3. 了解地区与行业差异：

   • 虽然上述计算方法具有普遍性，但具体计算方式可能因地区、行业及企业规定而有所不同。因此，建议用人单位和员工都了解当地的劳动法规和企业规章制度。

综上所述，综合工时制下的员工在法定节假日工作，用人单位需按照不低于员工本人日或小时工资的300%支付加班工资。这是法律对员工休息权利的保护，也是用人单位应尽的义务。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。