在行政处罚案件尚处于立案调查阶段，当事人又被投诉存在二次违法情形时，办案流程及处理方式如下：

1. 合并调查或分别立案

   • 合并调查：若两次违法行为存在关联性（如基于同一事实、同一行为模式或涉及同一法律关系），行政机关可考虑将两次投诉合并为一个案件进行调查。例如，当事人首次因未取得许可从事特定经营活动被立案，调查期间又被投诉持续该行为且新增其他违规操作（如未按规定公示信息），此时可合并调查以提高效率。
   • 分别立案：若两次违法行为完全独立（如首次是环保违规，二次是税务违法），或虽有关联但需分别适用不同法律程序，行政机关应分别立案调查。例如，当事人首次因虚假宣传被立案，调查期间又被投诉生产不合格产品，此时需按《广告法》和《产品质量法》分别处理。

2. 调查程序的重点

   • 证据固定：对两次违法行为均需全面收集证据，包括现场检查记录、证人证言、物证、书证（如合同、发票）及电子数据（如监控录像、聊天记录）。需注意证据的合法性（如取证程序是否合规）和关联性（如证据是否能直接证明违法事实）。
   • 权利保障：在调查过程中，当事人享有陈述、申辩权，行政机关应依法告知并记录。若当事人提出听证请求（如拟作出较大数额罚款等处罚），行政机关应组织听证。
   • 期限管理：行政机关需在法定期限内完成调查（如《行政处罚法》规定一般案件应在立案之日起90日内作出决定）。若案件复杂需延期，应经负责人批准并告知当事人。

3. 处罚裁量的考量

   • 从重情节：若二次违法属于“拒不改正”或“情节严重”（如首次被处罚后仍持续违法），行政机关可在法定幅度内从重处罚。例如，当事人首次因超标排污被罚款后，调查期间仍超标排放，可按《环境保护法》从重处罚。
   • 合并处罚：若两次违法行为需分别处罚，行政机关应合并执行（如罚款相加、吊销许可证与罚款并用）。但需注意“一事不再罚”原则，即对同一违法行为不得以同一事由重复处罚。

4. 程序衔接与告知

   • 立案告知：对二次投诉，行政机关应依法出具《立案通知书》，明确案件来源、调查人员及当事人权利义务。
   • 结果通知：调查结束后，行政机关应向当事人送达《行政处罚事先告知书》，载明违法事实、证据、法律依据及拟处罚内容，并告知陈述申辩权。

建议：若您作为当事人面临此类情况，应积极配合调查，及时提交书面陈述材料（如说明二次违法的原因、整改措施），并申请听证以维护权益。若对行政机关的程序或裁量有异议，可在收到处罚决定后60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。