案件办理期间二次违法，需根据违法行为的性质、与原案件的关联性及法律规定进行综合处理，具体分析如下：

1. 若二次违法行为与原案件无关
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但若二次违法行为是独立的新行为（如原案为交通肇事，二次违法为故意伤害），则需单独立案、调查并处罚，处罚结果与原案件互不影响。例如，张某因酒驾被处罚期间，又因打架被公安机关查处，此时需对打架行为另行处罚。

2. 若二次违法行为与原案件相关

   • 同一违法行为的延续或加重：若二次行为是原违法行为的持续（如未履行处罚决定中的整改义务），可能被认定为“拒不改正”，依据《行政处罚法》第三十六条，可从重或加重处罚。例如，企业因污染被责令整改，但整改期间继续排污，环保部门可加重罚款。
     
   • 数罪并罚情形：若二次行为构成新的犯罪（如原案为诈骗，二次行为为伪造公文），需按《刑法》第六十九条数罪并罚，合并执行刑期和罚金。

3. 程序衔接要点

   • 立案阶段：需明确二次行为是否符合新案件的立案标准（如证据充分性、管辖权）。
     
   • 证据收集：二次行为的证据需独立于原案件，避免证据混用。
     
   • 处罚告知：需向当事人明确说明二次行为的违法事实、依据及处罚内容，保障其陈述申辩权。

建议：若您或他人涉及此类情况，应立即委托律师分析二次行为与原案件的关联性，制定应对策略（如申请听证、复议或诉讼），避免处罚叠加或升级。如有具体案情，可直接向我咨询细节。