结论：公司分两笔发工资，且由公司旗下的不同公司发送，这一行为本身并不直接违法，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律合规性角度：

   • 工资支付主体：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当由用人单位直接支付给劳动者。若公司旗下的不同公司均作为独立的用人单位与劳动者存在劳动关系，并分别支付工资，这在法律上并不被禁止，但需确保每个支付主体都与劳动者有明确的劳动关系，并依法履行了相应的义务。
   • 工资支付方式：法律并未规定工资必须一次性支付，因此分两笔支付并不违法。但关键在于，这种支付方式是否得到了劳动者的同意，并且是否确保了劳动者的合法权益不受损害。

2. 税务合规性角度：

   • 个人所得税：无论工资由哪家公司支付，劳动者都需要就其全部收入缴纳个人所得税。公司作为扣缴义务人，需要确保正确计算和代扣代缴个人所得税。若因分笔支付导致税务处理不当，可能引发税务风险。
   • 税务申报：支付工资的公司需要按照税法规定进行税务申报，包括申报劳动者的工资收入、代扣代缴的个人所得税等。若因分笔支付导致税务申报混乱或遗漏，也可能面临税务处罚。

3. 潜在风险与建议：

   • 劳动关系确认：分笔支付工资可能引发劳动关系确认的争议。若劳动者与其中一家公司存在劳动关系争议，另一家公司的支付行为可能被视为干扰因素。因此，建议公司在分笔支付工资时，明确各支付主体与劳动者的劳动关系，并保留相关证据。
   • 劳动者权益保护：公司应确保分笔支付工资不会损害劳动者的合法权益，如最低工资标准、加班费、社会保险等。若因分笔支付导致劳动者权益受损，公司可能面临法律责任。
   • 合同与协议：为避免潜在风险，公司可以与劳动者签订书面协议，明确分笔支付工资的原因、方式、金额及支付主体等事项，并确保协议内容合法合规。

总结与建议：公司分两笔发工资且由旗下不同公司发送，在法律上并不直接违法，但需确保支付主体与劳动者的劳动关系明确、税务处理合规，并保护劳动者的合法权益。为避免潜在风险，建议公司采取书面协议等方式明确相关事项，并咨询专业律师或税务顾问以确保合规性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。