用工协议一式两份是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当以书面形式订立，并由用人单位和劳动者各执一份。这一规定明确了劳动合同（用工协议属于劳动合同的一种形式）的书面形式要求以及双方各执一份的原则。用工协议作为劳动合同的一种，同样适用这一规定。因此，用工协议一式两份，用人单位和劳动者各持一份，是符合法律规定的。
合法性的具体体现
保障双方权益：用工协议一式两份，确保了用人单位和劳动者都能持有协议原件，从而在发生争议时能够提供有效的证据。这有助于维护双方的合法权益，避免因协议丢失或损坏而导致的纠纷。
符合法定形式：法律要求劳动合同必须以书面形式订立，这是为了确保协议的明确性和稳定性。用工协议一式两份，正是书面形式的具体体现，符合法定要求。
便于履行与监督：双方各持一份用工协议，有助于各自履行协议中的义务，并相互监督。这有助于维护劳动关系的和谐稳定，减少因协议不明确或履行不到位而引发的争议。
实际操作中的注意事项
协议内容合法：除了形式上的要求外，用工协议的内容也必须合法。协议中的条款不得违反法律法规的强制性规定，否则将可能导致协议无效或部分无效。
双方签字盖章：用工协议必须经用人单位和劳动者双方签字或盖章后生效。这是确认协议双方意思表示一致的重要步骤，也是协议具有法律效力的必要条件。
妥善保管协议：双方应妥善保管各自的用工协议原件，以备不时之需。在发生争议时，协议原件是证明双方权利义务关系的重要证据。
可能的法律后果
如果用人单位未按照法律规定与劳动者订立书面用工协议，或者协议未一式两份导致劳动者无法持有协议原件，用人单位可能会面临以下法律后果：
支付双倍工资：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
承担行政责任：用人单位未按照法律规定与劳动者订立书面劳动合同的，还可能面临劳动行政部门的行政处罚。
建议：在签订用工协议时，用人单位和劳动者应确保协议内容合法、形式规范，并各自妥善保管协议原件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。