核心结论：女职工备孕5年不上班的处理方式需结合具体情况判断，若涉及合法医疗期、产假或符合单位规章制度，单位应依法保障权益；若无正当理由长期缺勤，单位可依据规章制度处理，但需注意程序合法性。以下分情况说明：

1. 若女职工处于法定医疗期或产假期间

• 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工因怀孕、生育相关疾病需治疗的，可享受医疗期；产假期间（含产前假、难产假、多胞胎假等）单位不得解除劳动合同。
• 处理方式：
  • 单位需核实医疗证明或产假手续，若合法，应支付病假工资（不低于当地最低工资标准的80%）或生育津贴，并保留岗位至医疗期/产假结束。
  • 若医疗期或产假已满仍无法返岗，单位可协商调岗或依法解除合同（需支付经济补偿）。

2. 若女职工以备孕为由长期缺勤且无合法依据

• 法律风险：
  • 备孕本身不属于法定休假事由，若未经单位批准擅自离岗，可能构成旷工。
  • 单位若以此为由解除合同，需满足《劳动合同法》第39条“严重违反规章制度”的条件，且规章制度需经民主程序制定并公示。
• 处理建议：
  • 单位应首先书面催告返岗，明确旷工后果；若仍不返岗，可依据规章制度解除合同，但需留存证据（如考勤记录、催告通知等）。
  • 避免直接以“备孕”为由解除合同，否则可能涉嫌性别歧视，引发劳动仲裁或诉讼。

3. 特殊情形：单位规章制度未明确规定

• 处理原则：
  • 若单位无相关考勤或休假制度，女职工缺勤可能被认定为“事假”，单位可不予批准或按无薪假处理。
  • 但单位不得因女职工备孕而拒绝批准合理事假请求，否则可能构成就业歧视。
• 建议：单位应完善规章制度，明确事假、病假、产假等情形及审批流程，避免法律风险。

4. 争议解决途径

• 若双方对处理结果存在争议，女职工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张工资、赔偿金等权益。
• 单位需积极应诉，提供考勤记录、规章制度、催告通知等证据，证明处理程序的合法性。

总结：女职工备孕期间不上班的处理需严格区分合法休假与旷工情形，单位应依法保障女职工权益，同时完善内部管理，避免因程序瑕疵引发纠纷。如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询以制定针对性策略。