结论：公司因员工忘记已休完假又休半天而扣掉1000元工资的做法，很可能是不合法的。员工有权要求公司说明扣款的合法依据，并可以通过协商、投诉或法律途径来维护自己的合法权益。
分析如下：
从工资支付的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 在本案例中，员工因忘记已休完假而多休了半天，这并不构成公司克扣工资的合法理由。除非公司有明确的规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定、公示，且不违反法律法规的强制性规定，同时员工也知晓并同意该规章制度，否则公司不能随意扣款。
从规章制度的角度：
- 如果公司确实有关于休假和工资扣款的规章制度，并且该制度符合上述条件（即民主程序制定、公示、不违法、员工知晓并同意），那么公司需要证明员工的多休行为违反了该制度，并且扣款金额与制度规定相符。
- 然而，即使公司有这样的制度，扣款1000元也可能显得过高，除非该制度明确规定了此类情况的扣款标准，并且该标准合理合法。一般来说，扣款应当与员工的违规行为成比例，且不得违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等）。
从员工权益的角度：
- 员工有权要求公司说明扣款的合法依据，并有权对不合理的扣款提出异议。
- 如果公司无法提供合法依据或扣款明显不合理，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。
建议：
- 与公司协商：首先，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司说明扣款的合法依据，并寻求合理的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉也未能解决问题，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司确实存在违法行为，劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会可能会责令公司改正违法行为，并补发员工的工资及可能的赔偿金。
- 如果公司拒不执行相关决定或裁决，员工还可以向人民法院申请强制执行。
总之，公司因员工忘记已休完假又休半天而扣掉1000元工资的做法，很可能是不合法的。员工应当积极维护自己的合法权益，通过合法途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。