用人单位克扣员工休息时间属于违法行为，员工可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权。具体处理方式如下：
明确法律依据
根据《劳动法》第三十六条、第三十八条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时，且用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。若用人单位通过强制加班、取消调休等方式克扣休息时间，即构成违法。
协商解决
员工可优先与用人单位沟通，要求恢复法定休息时间或安排补休。协商时需注意：
- 保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录）；
- 明确提出依据《劳动法》要求合法休息；
- 若用人单位以“任务紧急”“公司规定”等理由拒绝，可要求其出具书面说明并加盖公章。
- 向劳动监察部门投诉
若协商无果，员工可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过12333热线或官网查询地址）。投诉时需提供：
- 劳动合同、工资条、考勤记录等证明劳动关系的材料；
- 用人单位克扣休息的证据（如加班通知、同事证言）；
- 投诉书（写明用人单位名称、违法事实、诉求）。
劳动监察部门将调查并责令用人单位整改，逾期不改可处以罚款。
- 申请劳动仲裁
若投诉未解决或用人单位拒不改正，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：
- 恢复法定休息时间；
- 支付加班费（工作日加班按150%、休息日加班按200%、法定节假日按300%计算）；
- 若因克扣休息导致健康损害，可要求赔偿医疗费等损失。
仲裁裁决具有法律效力，用人单位不履行可申请法院强制执行。
- 提起诉讼
对仲裁结果不服的，员工可在15日内向法院起诉。诉讼中需注意：
- 仲裁是前置程序，未经仲裁不能直接起诉；
- 诉讼时效为1年，自知道权益受损之日起计算；
- 法院将全面审查证据，判决后用人单位必须履行。
建议：员工在维权过程中需保持冷静，避免与用人单位发生直接冲突，同时注意收集证据（如考勤记录、加班通知、同事证言等）。若用人单位存在威胁、报复等行为，可立即向公安机关报案。