针对“月休两天员工超休了怎么办”这一问题，核心结论在于企业需根据具体情况，结合内部规章制度及法律法规来处理员工的超休行为。以下是从不同角度给出的详细分析：

1. 内部规章制度的角度：

   • 企业通常会在员工手册或劳动合同中明确规定员工的休息日、休假制度以及超休的处理方式。若员工月休两天但超休，企业应首先查阅相关规章制度，确认超休的具体定义、后果及处理流程。
   • 若规章制度中有明确规定：如超休需扣减相应工资、需补班或视为旷工等，企业应按照规章制度执行，确保处理方式的合法性和合理性。
   • 若规章制度中未明确规定：企业应与员工进行沟通，了解超休原因，并根据实际情况协商处理，如要求员工补班、调整工作安排或扣减部分工资等。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，但同时也应遵守企业的规章制度。若员工超休且无正当理由，企业有权根据内部规章制度进行处理。
   • 若超休行为构成旷工：根据企业规章制度及法律法规，旷工达到一定天数的，企业有权解除劳动合同。但在此之前，企业应确保已履行了通知、警告等法定程序。
   • 若超休行为未构成旷工：如员工因特殊原因（如疾病、家庭紧急事务等）超休，且已提前向企业请假并获得批准，企业应给予理解并妥善处理，如安排补班、调整工作安排或给予一定的宽限期等。

3. 实际操作建议：

   • 加强沟通：企业应与员工保持良好沟通，了解超休原因，避免误解和冲突。
   • 完善规章制度：企业应完善员工手册和劳动合同中的休假制度，明确超休的定义、后果及处理流程，确保规章制度的合法性和合理性。
   • 依法处理：在处理员工超休行为时，企业应确保处理方式的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。

示例说明： 假设某企业员工月休两天，但某月因个人原因超休了三天。若企业规章制度中明确规定超休需扣减相应工资，且该员工已签字确认知晓该规定，则企业有权按照规章制度扣减该员工三天的工资。若企业规章制度中未明确规定或规定不明确，企业应与该员工进行沟通，了解超休原因，并根据实际情况协商处理。

若企业在处理员工超休行为时遇到法律难题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。