可以民事起诉要求拆除违法建筑排除妨碍。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果一方违法建造建筑物，侵犯了他人的相邻权，如通风、采光、通行等，受侵害方有权要求停止侵害、排除妨碍。此外，如果违法建筑还构成了对他人物权的侵害，如占用了他人的土地或空间，那么根据物权法的相关规定，物权人也有权要求拆除违法建筑，恢复原状。
二、实际操作
确认违法建筑：
- 在提起民事诉讼之前，首先需要确认该建筑是否确实为违法建筑。这通常需要通过向相关部门（如城市规划部门、建设部门等）查询或申请行政认定来确认。
收集证据：
- 收集能够证明违法建筑存在以及其对你造成妨碍的证据，如照片、视频、证人证言、相关部门的认定文件等。
提起诉讼：
- 向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，请求法院判决拆除违法建筑并排除妨碍。在诉讼过程中，需要提交上述收集的证据来支持自己的主张。
执行判决：
- 如果法院判决支持你的请求，但对方不履行判决，你可以向法院申请强制执行，由法院组织力量拆除违法建筑。
三、注意事项
诉讼时效：
- 注意诉讼时效的问题。一般来说，民事权利受到侵害的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，在发现违法建筑并确认其对你造成妨碍后，应及时提起诉讼。
行政程序与民事诉讼的衔接：
- 在某些情况下，可能需要先通过行政程序（如向城市规划部门投诉、申请行政复议等）来处理违法建筑问题。如果行政程序无法解决问题，再考虑提起民事诉讼。
邻里关系：
- 在处理此类纠纷时，也应考虑邻里关系的和谐。在提起诉讼前，可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成和解协议，避免不必要的法律纠纷。
四、可能面临的挑战
证据收集难度：
- 收集证明违法建筑存在以及其对你造成妨碍的证据可能具有一定的难度。特别是当对方不配合或故意隐瞒相关信息时，需要采取更多的调查手段来获取证据。
执行难度：
- 即使法院判决支持你的请求，执行过程中也可能面临一定的困难。如对方拒不履行判决、违法建筑拆除难度大等。这时需要积极与法院沟通，寻求法院的支持和协助。
总结与建议：如果你发现有人违法建造建筑物并对你造成了妨碍，你有权通过民事诉讼来要求拆除违法建筑并排除妨碍。在提起诉讼前，请确保收集足够的证据来支持自己的主张，并考虑与对方进行协商以寻求和解。如果协商无果或对方不配合，请及时向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。