可以起诉要求拆除邻居的屋顶违章建筑，关于赔偿问题需根据实际损失和过错情况确定。以下从起诉拆除和赔偿两个角度详细分析：
起诉拆除违章建筑
- 法律依据
- 根据《民法典》第二百八十八条规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。邻居在屋顶进行违章建筑，可能影响房屋结构安全、通风、采光等，侵犯了相邻权，你有权要求其停止侵害、排除妨碍。
- 同时，依据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 起诉流程
- 收集证据：收集能证明邻居建筑属于违章建筑以及该建筑对你造成影响的证据，如照片、视频，显示建筑的位置、规模、建造情况以及对你的通风、采光、房屋安全等方面造成的不良影响；还可以收集相关规划文件、房产证等，证明你的房屋权益以及邻居建筑违反规划的情况。如果有专业机构出具的房屋安全鉴定报告、采光分析报告等，会更有说服力。
- 确定被告：明确违章建筑的所有人或使用人作为被告。
- 撰写起诉状：写明原被告的基本信息、诉讼请求（如要求拆除违章建筑）、事实与理由（阐述邻居违章建筑的事实以及对你造成的侵害）等内容。
- 提交法院：向有管辖权的人民法院（一般是被告住所地或侵权行为地法院）提交起诉状和相关证据材料，法院会进行审查，符合立案条件的会予以立案。
- 参与诉讼：立案后，按照法院的通知参与庭审，在庭审中陈述事实、提供证据、进行辩论等，等待法院作出判决。如果判决支持你的诉求，邻居仍不履行拆除义务，你可以向法院申请强制执行。
赔偿问题
- 赔偿原则
- 赔偿一般是基于你因邻居的违章建筑行为遭受了实际损失。根据《民法典》第一千一百六十五条规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。如果邻居的违章建筑行为与你的损失之间存在因果关系，邻居应承担相应的赔偿责任。
- 赔偿范围
- 房屋价值减损：如果违章建筑导致你的房屋价值下降，例如影响房屋的通风、采光，使房屋居住舒适度降低，从而在市场上价值降低，你可以要求邻居赔偿这部分损失。可以通过专业的房地产评估机构对房屋价值进行评估，以确定减损的金额。
- 修复费用：若违章建筑对你的房屋造成损坏，如导致房屋结构受损、屋顶漏水等，你需要进行修复，由此产生的修复费用可以要求邻居赔偿。保留好修复费用的相关票据，如维修合同、发票等。
- 其他损失：如果因邻居的违章建筑行为给你造成了其他损失，如因房屋受损导致你无法正常居住而产生的临时租房费用等，也可以要求邻居赔偿。同样需要提供相关证据证明损失的存在和金额。
在处理这类问题时，建议你先与邻居进行友好协商，尝试通过沟通解决问题，这样可以节省时间和精力。如果协商不成，再考虑通过法律途径解决。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，随时都可以问我。