结论：违章建筑被占，能否请求法院排除妨害，需视具体情况而定。一般来说，若违章建筑虽未取得合法产权，但占有人对建筑具有事实上的管理控制权，且妨害行为确实存在并影响了占有人对建筑的使用，占有人有权请求法院排除妨害。然而，若违章建筑本身存在严重违法性，如违反城乡规划、土地管理法规等，且占有人无法证明其合法占有权益，则请求排除妨害可能面临法律障碍。

分析：

1. 违章建筑的合法性：

   • 违章建筑，通常指的是未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物。这类建筑在法律上往往不被认定为合法产权，因此，其占有人可能无法享有与合法产权人相同的法律保护。

2. 排除妨害的法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，占有人因使用占有的不动产或者动产，致使该不动产或者动产受到损害的，，占有人有权请求返还原物；对妨害占有的行为，占有人有权请求排除妨害或者消除危险。这一规定适用于合法占有，但在某些情况下，即使占有物为违章建筑，占有人也可能基于事实上的管理控制权而享有排除妨害的请求权。

3. 违章建筑被占的特殊情况：

   • 若违章建筑被占，且占有人能够证明其对建筑具有事实上的管理控制权（如长期居住、使用、维护等），同时妨害行为确实存在并影响了占有人对建筑的使用（如他人非法侵入、破坏等），则占有人有权向法院提起诉讼，请求排除妨害。
   • 然而，若违章建筑本身存在严重违法性，如严重违反城乡规划、土地管理法规等，且占有人无法证明其合法占有权益（如无法提供建设许可、土地使用证明等），则法院在审理时可能会考虑建筑的违法性，从而对排除妨害的请求不予支持或限制支持。

4. 法律后果与风险提示：

   • 若占有人成功请求法院排除妨害，则妨害行为人需承担停止侵害、排除妨碍等法律责任。
   • 若占有人请求被驳回或未获全额支持，则可能面临无法有效维护自身权益的风险。此外，若违章建筑被认定为违法建筑并面临拆除等处罚，占有人还需承担相应的法律后果。

建议：

• 对于违章建筑被占的情况，占有人应首先评估建筑的合法性及自身的占有权益。若建筑虽为违章但占有人具有事实上的管理控制权，且妨害行为确实存在，可考虑向法院提起诉讼请求排除妨害。
• 在提起诉讼前，占有人应收集并整理相关证据，如建筑的建设情况、使用情况、妨害行为的具体表现等，以支持其诉讼请求。
• 同时，占有人也应关注违章建筑可能面临的法律风险，如拆除、罚款等，并做好相应的应对准备。

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