农民占用耕地违规修建住宅和经营民宿的行为，属于违反土地管理法律法规的行为，应当依法受到处理，具体处理方式需根据违规行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合判断。以下从行政处罚、民事责任、刑事责任三个层面展开分析：
行政处罚层面
- 责令退还非法占用的土地：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。这意味着，农民必须将其违规占用的耕地恢复原状，退还给原土地所有者或使用者。
- 限期拆除或没收地上建筑物：对于在非法占用的土地上新建的房屋和其他设施，如果符合土地利用总体规划，可以责令限期改正，并处以罚款；如果违反土地利用总体规划，则应限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。在特定情况下，如非法占用土地上的建筑物和其他设施符合补办用地手续条件且农民愿意补办的，也可以依法没收并处罚款，但这种情况较为少见，且需严格符合法定条件。
- 罚款：根据违法情节的严重程度，农民还可能面临罚款的处罚。罚款的数额通常根据非法占用土地的面积、性质以及造成的后果等因素确定。
民事责任层面
- 赔偿损失：如果农民的违规行为给土地所有者或使用者造成了经济损失，如农作物减产、土地改良费用等，那么农民还需要承担民事赔偿责任，赔偿相关损失。
刑事责任层面
- 非法占用农用地罪：根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。这意味着，如果农民的违规行为情节严重，构成了犯罪，那么将面临刑事处罚。
建议与措施：
- 立即停止违规行为：农民应立即停止在耕地上违规修建住宅和经营民宿的行为，避免进一步扩大违法后果。
- 主动配合调查处理：在相关部门进行调查时，农民应主动配合，如实说明情况，提供相关证据材料。
- 寻求合法途径解决用地需求：如果农民确实有用地需求，如修建住宅或经营民宿等，应通过合法途径申请用地，如向当地自然资源主管部门提出用地申请，并按照法定程序办理相关手续。
- 咨询专业法律意见：在处理此类问题时，农民可以咨询专业律师或法律机构，了解相关法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。