结论：村医工资三千扣900做绩效是否合法，需结合劳动合同约定、绩效考核制度合理性、是否低于当地最低工资标准以及是否经过民主程序制定并公示等关键因素综合判断，以下分情况说明：

1. 若劳动合同明确约定工资构成包含绩效工资，且绩效考核制度合法合理
   根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当明确约定劳动报酬条款。若双方在合同中明确约定“月工资3000元，其中包含基本工资2100元+绩效工资900元”，且用人单位的绩效考核制度（如考核标准、计算方式、发放条件等）符合《劳动法》第四十七条“用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平”的规定，同时未违反《劳动合同法》第四条关于规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论、协商确定并公示的程序要求，则扣除900元作为绩效工资的行为合法。

2. 若劳动合同未约定绩效工资，或绩效考核制度存在不合理性

   • 未约定绩效工资：若劳动合同仅约定“月工资3000元”，未明确区分基本工资与绩效工资，用人单位单方扣除900元作为绩效可能构成未足额支付劳动报酬，违反《劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠”的规定。
     
   • 考核制度不合理：若绩效考核标准模糊（如“工作态度不佳”等主观条款）、计算方式不透明（如未公示考核结果或扣分依据），或扣款后实发工资低于当地最低工资标准（需根据所在省份具体标准判断），则可能因违反《劳动合同法》第三十八条“未及时足额支付劳动报酬”或《劳动保障监察条例》第二十六条“克扣工资”的规定，被认定为违法行为。

3. 特殊情形：村医身份的特殊性
   若村医属于乡镇卫生院派驻的编制内人员，其工资发放可能受《事业单位人事管理条例》或地方公共卫生服务项目经费管理规定约束，需进一步核查经费来源及分配规则；若为个体执业或与村委会签订劳务合同，则适用《民法典》合同编调整，需以合同约定为准。

建议行动：

• 核查劳动合同中关于工资构成的条款；
  
• 要求用人单位出示绩效考核制度及本次考核的具体依据；
  
• 计算扣除后实发工资是否低于当地最低工资标准（可通过当地人社局官网查询）；
  
• 若存在争议，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如合同条款、考核制度内容等），可继续向我咨询以精准分析。