结论：一般情况下，不能直接让老板的老板扣下拖欠的工资。工资支付是用人单位与劳动者之间的直接法律关系，通常不涉及上级单位或个人。但具体处理方式需根据实际情况和法律途径来寻求解决。
分析说明：
工资支付的法律关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位有义务按时足额支付。
- 工资支付关系通常存在于用人单位与劳动者之间，是直接的债权债务关系。老板的老板（即上级单位或个人）并非这一法律关系的直接当事人，因此一般不能直接介入工资支付问题。
处理拖欠工资的途径：
- 协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位（即直接老板）进行协商，要求按时支付拖欠的工资。
- 投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并责令用人单位支付拖欠的工资。
- 仲裁或诉讼：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊情况下的处理：
- 如果老板的老板（如总公司或上级单位）对用人单位的工资支付负有直接管理责任，且存在过错或违法行为导致工资拖欠，劳动者在维权时可以考虑将上级单位列为共同被告或责任人。但这需要具体证据和法律分析，不能一概而论。
- 在某些情况下，如果用人单位是分支机构或不具备独立法人资格，其上级单位可能需要承担连带责任。但这同样需要根据具体情况和法律规定来判断。
行动建议：
- 收集证据：劳动者应保留好与用人单位之间的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在维权时提供有力支持。
- 及时维权：一旦发现工资被拖欠，劳动者应及时采取行动，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
- 咨询专业律师：在处理复杂的工资拖欠问题时，劳动者可以咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和帮助。
后续思考：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、福利待遇等方面的内容，确保自己的权益得到充分保障。
- 用人单位应严格遵守劳动法律法规，按时足额支付劳动者工资，避免引发不必要的劳动争议和法律风险。