如果两份劳动合同都在公司手里，劳动者有权要求公司交付属于自己的一份，并可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

一、与公司友好协商

1. 提出合理诉求：首先，劳动者应以平和的态度找到公司的人力资源部门或相关负责人，明确指出根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份，这是法律赋予劳动者的合法权益。因此，劳动者有权要求公司交付一份劳动合同给自己。
2. 保留沟通证据：在沟通过程中，建议劳动者保留好聊天记录、通话录音等证据，以备后续可能需要证明曾向公司主张过权利。

二、向劳动监察部门投诉

1. 投诉准备：如果与公司协商无果，劳动者可以准备好能够证明自己与公司存在劳动关系的相关材料，如工作证、考勤记录、工资发放记录、同事的证人证言以及与公司的通信记录等，向当地的劳动监察部门进行投诉。
2. 投诉流程：劳动者可以通过拨打投诉举报电话或到办公地点现场投诉，详细说明公司扣留两份劳动合同的情况，并提交相关材料。劳动监察部门将对公司进行调查核实，并责令其改正违法行为，将劳动合同交给劳动者。

三、申请劳动仲裁

1. 提交申请：若劳动监察部门处理后公司仍不改正，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，需要提交仲裁申请书，明确仲裁请求（如要求公司交付劳动合同、赔偿因未交付合同而造成的损失等），详细陈述事实和理由，并附上相关证据材料。
2. 参与审理：劳动者应按时参加仲裁庭审，如实陈述案件事实，提供相关证据支持自己的主张。仲裁庭将根据双方提供的证据和陈述进行审理，并作出仲裁裁决。如果仲裁裁决支持劳动者的请求，公司应当履行裁决义务。

四、法律后果与风险提示

1. 法律后果：如果公司违反法律规定未将劳动合同交付给劳动者，除了可能面临劳动监察部门的处罚外，还可能因劳动者的仲裁或诉讼请求而承担法律责任，如交付劳动合同、赔偿损失等。
2. 风险提示：在整个处理过程中，劳动者应保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突。同时，要注意保留好相关证据材料，以便在需要时能够证明自己的主张。如果劳动者对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到充分保障，可以寻求专业律师的帮助（当然，这里你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律支持）。

总结：面对两份劳动合同都在公司手里的情况，劳动者应依法采取与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等措施来维护自己的合法权益。通过准备充分的证据材料、遵循正确的处理步骤，劳动者可以有效地解决这一问题，并确保自己的劳动权益得到切实保障。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。