结论：公司以制度为由扣除劳动合同约定的每月工资的20%，是否违法需分情况讨论，具体如下：
若扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，且扣除原因合法：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。在此情况下，若公司扣除工资的比例未超过20%，且扣除后的剩余工资不低于当地最低工资标准，同时扣除原因符合法律规定（如因劳动者过错造成经济损失），则公司的行为不违法。
若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，或扣除原因不合法：
- 同样根据《工资支付暂行规定》第十六条，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。若公司扣除工资后，剩余工资低于当地最低工资标准，则公司的行为违法。
- 另外，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司扣除工资的原因并非因劳动者本人原因造成经济损失，或扣除行为缺乏合法依据，则公司的行为也违法。
具体分析：
- 扣款比例限制：用人单位在扣除劳动者工资时，必须遵守每月扣除不超过当月工资20%的规定。这是为了保护劳动者的基本生活需求，防止用人单位过度扣除工资。
- 最低工资标准保护：扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是法律对劳动者最低生活保障的强制性规定，用人单位必须遵守。
- 法定扣款情形：用人单位可以依法代扣个人所得税、社会保险费用等。对于因劳动者过错造成的经济损失，用人单位可以按照劳动合同约定要求赔偿，但需遵守扣款比例和最低工资标准的限制。
法律后果：
- 若公司违反规定克扣劳动者工资，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可能面临罚款。
- 劳动者有权要求用人单位补足被克扣的工资，并可能主张经济补偿金。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成犯罪（如拒不支付劳动报酬罪），相关责任人员可能需要承担刑事责任。
建议：
- 若您认为公司扣除工资的行为违法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除工资的原因和依据。
- 若沟通无果，您可以向当地劳动行政部门投诉，寻求行政救济。
- 必要时，您也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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