结论：公司以亏损为由扣绩效是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、公司规章制度、绩效考核制度以及亏损与绩效的关联性等因素。
分析：
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及依法制定的规章制度，是确定双方权利义务的重要依据。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效考核制度，并且该制度合法、合理，同时明确了在何种情况下可以扣减绩效工资，那么公司以亏损为由扣绩效可能是合法的，但前提是亏损与绩效直接相关，且扣减符合制度规定。
绩效考核制度的合法性：
- 绩效考核制度必须合法、合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯劳动者的合法权益。
- 如果绩效考核制度存在违法或不合理之处，如考核标准不明确、考核过程不透明、扣减绩效无合理依据等，那么公司以此为由扣绩效可能是不合法的。
亏损与绩效的关联性：
- 公司亏损并不必然导致可以扣减员工绩效工资。亏损与绩效之间需要存在直接的关联性，即亏损是由于员工绩效不佳导致的。
- 如果亏损是由于市场环境、经营策略等外部因素导致的，与员工个人绩效无关，那么公司以此为由扣绩效可能是不合法的。
扣减绩效的程序与幅度：
- 即使公司有权扣减绩效工资，也需要遵循一定的程序，如提前告知员工、与员工协商等。
- 扣减的幅度也需要合理，不能过度扣减，影响员工的基本生活。
建议：
对于员工：
- 如果公司以亏损为由扣绩效，员工应首先查看劳动合同和公司规章制度，了解绩效考核制度的具体内容。
- 如果认为公司扣减绩效不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣减的依据和理由。
- 如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在制定绩效考核制度时，应确保制度合法、合理，明确考核标准、考核过程和扣减绩效的条件。
- 在扣减绩效时，应遵循一定的程序，如提前告知员工、与员工协商等，确保扣减的合法性和合理性。
- 如果亏损与员工绩效无关，应避免以此为由扣减绩效工资，以免引发劳动争议。
可能后果：
- 如果公司以亏损为由非法扣减绩效工资，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令改正、罚款等。
- 员工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求公司支付被扣减的绩效工资及相应的经济补偿。
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