结论：公司收到甲方工程款后未给甲方公司开票，可能会面临税务行政处罚、影响公司信誉及可能引发合同纠纷等后果。以下是对这些后果的详细分析：

1. 税务行政处罚：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。未按照规定开具发票的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
   • 后果分析：若公司未按照规定给甲方开具发票，税务机关有权对公司进行税务行政处罚，包括罚款和没收违法所得。这不仅会给公司带来经济损失，还可能影响公司的税务信用评级。

2. 影响公司信誉：

   • 商业信誉：在商业活动中，诚信是合作的基础。公司未按照规定开具发票，可能被视为不诚信行为，从而影响公司在行业内的声誉和形象。
   • 客户关系：甲方作为付款方，有权要求公司开具发票。若公司未能满足这一基本要求，可能导致甲方对公司的信任度降低，进而影响双方未来的合作。

3. 可能引发合同纠纷：

   • 合同条款：若合同中明确规定了公司需向甲方开具发票的条款，而公司未能履行这一义务，则构成违约。甲方有权依据合同条款要求公司承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
   • 法律诉讼：在极端情况下，若双方无法就违约责任达成一致，甲方可能会选择通过法律途径解决纠纷。这将导致公司面临法律诉讼的风险，增加公司的法律成本和经营风险。

建议：

• 及时开票：公司应尽快与甲方沟通，了解开票的具体要求，并按照规定及时开具发票。
• 完善内部管理：公司应加强内部管理，确保在收到款项后能够及时、准确地开具发票，避免类似问题的再次发生。
• 咨询专业律师：若公司对开票事宜存在疑问或担忧，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

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