在政府违法强拆确认违法立案后还未判决的情况下，原告是可以选择撤诉的。以下是对此问题的详细分析：
一、撤诉的法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十二条的规定：“人民法院对行政案件宣告判决或者裁定前，原告申请撤诉的，或者被告改变其所作的行政行为，原告同意并申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。”这一条款明确赋予了原告在法院作出最终判决或裁定前申请撤诉的权利。
二、撤诉的条件与程序
撤诉申请的时间：原告必须在法院对案件宣告判决或者裁定前提出撤诉申请。在您所描述的情况下，由于案件尚未判决，因此原告有权提出撤诉。
撤诉申请的提出：原告应当向法院提交书面的撤诉申请，明确表达撤诉的意愿。
法院的裁定：法院在收到原告的撤诉申请后，会进行审查，并根据案件的具体情况决定是否准许撤诉。如果法院认为撤诉申请符合法律规定，且不会损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，通常会准许撤诉。
三、撤诉的后果与注意事项
诉讼程序的终结：一旦法院准许撤诉，诉讼程序即告终结，原告不得再就同一事实和理由重新起诉。
撤诉的自愿性：撤诉必须是原告的真实意愿表示，不得存在胁迫、欺诈等情形。如果原告是在受到不当影响的情况下提出撤诉，法院可能会不予准许。
撤诉后的法律效果：撤诉后，原告将失去通过诉讼途径解决争议的机会。如果原告后续仍然希望解决争议，可能需要通过其他途径，如协商、调解或仲裁等。
四、针对您情况的具体建议
评估撤诉的必要性：在决定是否撤诉前，原告应充分评估撤诉的必要性。如果撤诉后能够通过其他途径更有效地解决争议，或者撤诉符合原告的整体利益，那么撤诉可能是一个合理的选择。
咨询专业律师：虽然您是在向我咨询，但在此我仍要强调，在涉及法律诉讼的问题上，咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据案件的具体情况，为原告提供专业的法律意见和建议，帮助原告做出更明智的决策。
准备撤诉材料：如果原告决定撤诉，应尽快准备撤诉申请书等相关材料，并按照法院的要求提交。
关注法院裁定：提交撤诉申请后，原告应关注法院的裁定结果。如果法院准许撤诉，原告应遵守法院的裁定，不得再就同一事实和理由重新起诉。