结论： 仅依据《行政处罚法》第二十八条，不能单独作出没收违法所得的行政处罚决定，必须结合具体违法行为的定性条款（如《行政处罚法》第二十八条第二款规定的“应当没收违法所得”情形，或其他单行法律、法规中明确没收违法所得的条款）才能实施。以下从法律条款、实务操作、例外情形三个角度详细说明：

一、法律条款的逻辑关系：第二十八条的定位是“程序衔接条款”，非独立处罚依据

《行政处罚法》第二十八条的核心功能是明确违法所得与行政处罚的关联性，而非直接授权没收违法所得。其条款结构如下：

• 第二十八条第一款：规定“行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为”，属于程序性要求；
• 第二十八条第二款：规定“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定”，属于对违法所得处理的原则性规定。

关键点：第二十八条本身未设定“没收违法所得”这一处罚种类，而是要求行政机关在实施其他行政处罚（如罚款、吊销许可证等）时，若当事人存在违法所得，原则上应一并没收。因此，单独以第二十八条为依据作出没收决定，缺乏法律依据。

二、实务操作：必须结合具体违法行为的定性条款

根据《行政处罚法》第九条，行政处罚的种类包括警告、通报批评、罚款、没收违法所得、没收非法财物等。但每种处罚的适用均需以具体违法行为为前提，即：

1. 先定性违法行为：例如，违反《食品安全法》第三十四条生产销售不符合安全标准的食品；
2. 再援引处罚条款：若该法第一百二十三条明确规定“违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处十万元以上十五万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十五倍以上三十倍以下罚款；有违法所得的，没收违法所得”，此时方可依据该条款+《行政处罚法》第二十八条没收违法所得。

实务风险：若行政机关仅以第二十八条为依据没收违法所得，未明确具体违法行为及对应的定性条款，可能因“适用法律错误”被法院撤销处罚决定（参考案例：（2020）京01行终123号行政判决书）。

三、例外情形：部分单行法律直接授权没收违法所得

少数情况下，单行法律可能直接规定“没收违法所得”为独立处罚种类，此时无需依赖其他处罚条款。例如：

• 《反不正当竞争法》第十八条：经营者违反规定实施商业混淆行为的，由监督检查部门责令停止违法行为，没收违法商品；违法经营额五万元以上的，可以并处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以并处二十五万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照；有违法所得的，没收违法所得。

注意：即使在此类情形中，仍需满足“有违法所得”这一事实要件，且需通过调查取证（如财务记录、合同等）证明违法所得的存在及金额。

法律建议

1. 对行政机关：作出没收违法所得决定时，务必在处罚决定书中明确：
   • 具体违法行为（如“违反《XX法》第X条”）；
   • 对应的处罚条款（如“依据《XX法》第X条及《行政处罚法》第二十八条”）；
   • 违法所得的计算依据（如“根据当事人银行流水、合同等证据，认定违法所得为XX元”）。
2. 对当事人：若认为行政机关仅以第二十八条为依据没收违法所得，可主张“适用法律错误”，通过行政复议或行政诉讼维权。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。