行政处罚法第二十八条中规定的“没收违法所得”，通常指的是全部违法所得。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律条款解读
根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条的规定：“行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。” 从这一条款可以看出，没收违法所得是针对当事人因违法行为所获得的全部款项。
二、没收违法所得的范围
全部违法所得：在一般情况下，没收违法所得是指没收当事人因违法行为所获得的全部款项，包括但不限于直接收入、间接收入以及因违法行为而节省的费用等。这是为了剥夺当事人因违法行为所获得的经济利益，从而达到惩罚和教育的目的。
特殊情况：虽然法律原则上规定没收全部违法所得，但在某些特殊情况下，如当事人能够证明部分所得与违法行为无关，或者法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算有特别规定时，可能不会没收全部违法所得。然而，这种情况需要具体的法律条文或司法解释来支持，并且需要当事人提供充分的证据来证明。
三、实际应用中的考虑
证据收集：在行政处罚过程中，行政机关需要收集充分的证据来证明当事人的违法所得情况。这包括但不限于账目记录、交易凭证、证人证言等。只有证据充分，才能确保没收违法所得的合法性和合理性。
程序合法性：行政机关在没收违法所得时，必须遵循法定的程序。这包括告知当事人有权陈述和申辩、听取当事人的意见、制作处罚决定书等。只有程序合法，才能确保行政处罚的公正性和有效性。
救济途径：如果当事人对行政机关的没收违法所得决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。这是当事人的合法权益，也是保障行政处罚合法性和合理性的重要机制。
四、建议与提醒
遵守法律法规：作为公民或法人，应当严格遵守国家的法律法规，避免从事任何违法行为。只有合法经营、诚信守法，才能避免面临行政处罚的风险。
积极配合调查：如果因违法行为而面临行政处罚，应当积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和信息。这有助于行政机关准确认定违法所得情况，从而作出合理的处罚决定。
寻求法律帮助：如果对行政处罚决定不服或者对相关法律问题存在疑问，可以及时向我这样的专业律师咨询。我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，行政处罚法第二十八条中规定的“没收违法所得”通常指的是全部违法所得。在实际应用中，需要遵循法定的程序和证据要求，并考虑特殊情况下的法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。