结论：协议生效十一年后发现其中存在不合法内容，您首先需要明确这些不合法内容的具体性质和影响，然后根据不同情况采取相应的法律措施。以下是一些具体的分析和建议。
一、分析不合法内容的性质和影响
合同条款违法性：
- 您需要仔细审查协议中的每一条款，确定哪些条款违反了法律法规的强制性规定或公序良俗。例如，如果协议中包含赌博、贩毒等违法活动的约定，这些条款显然是无效的。
- 同时，也要关注那些可能因违反特定行业规定或监管要求而无效的条款，如建设工程领域中的资质要求、招投标规定等。
对协议整体效力的影响：
- 根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
- 如果协议中的不合法条款是核心条款或关键条款，且这些条款的无效导致整个协议的目的无法实现，那么整个协议可能被视为无效。
- 如果不合法条款并非核心条款，且协议的其他部分仍然可以独立存在并实现合同目的，那么可能只是这些不合法条款无效，而协议的其他部分仍然有效。
二、采取相应的法律措施
协商修改或解除协议：
- 如果发现协议中存在不合法内容，您可以首先尝试与对方协商，看是否能够修改这些不合法条款，使协议符合法律法规的要求。
- 如果协商无果，或者不合法条款的存在使得协议无法继续履行，您可以考虑与对方协商解除协议，并就解除后的相关事宜达成一致意见。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，您可以向法院提起诉讼，请求法院确认协议中的不合法条款无效，并根据情况请求法院判决对方承担相应的法律责任。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明协议中的不合法内容及其对您造成的损害，以便法院能够作出公正的判决。
注意诉讼时效问题：
- 虽然协议已经生效十一年，但您仍然需要注意诉讼时效的问题。根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。然而，如果自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
- 在您的情况下，由于协议已经生效多年，且您现在才发现不合法内容，因此您需要尽快采取行动，以免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。
三、后续建议
加强合同审查：
- 在未来的合同签订过程中，您应该加强对合同条款的审查力度，确保合同内容符合法律法规的要求，避免类似情况再次发生。
寻求专业法律帮助：
- 如果您对合同审查或法律救济等方面存在疑问或困惑，建议您寻求专业律师的帮助。作为专注于建设工程领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。
总之，面对协议生效十一年后发现其中存在不合法内容的情况，您需要冷静分析、妥善处理。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。