结论：协议生效十一年后才发现其中存在不合理条款，能否进行补救取决于多个因素，包括协议的性质、不合理条款的具体内容、是否违反法律法规的强制性规定以及是否超过法律规定的诉讼时效等。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议性质与不合理条款内容
协议性质：
- 如果协议是民事合同，且双方均为平等民事主体，那么协议中的条款应当遵循公平、自愿、等价有偿等原则。
- 如果协议涉及特定领域（如劳动、婚姻、继承等），则可能受到该领域特别法的调整，不合理条款的处理方式也可能有所不同。
不合理条款内容：
- 不合理条款可能涉及价格、履行方式、违约责任等多个方面。例如，价格明显高于市场价、履行方式对一方极为不利、违约责任过重等。
- 如果不合理条款违反了法律法规的强制性规定（如禁止性规定、效力性规定），则该条款自始无效。
二、法律救济途径
协商变更或撤销：
- 您可以尝试与对方协商，对不合理条款进行变更或撤销。如果双方能够达成一致，可以签订补充协议或修改原协议。
- 协商过程中，您可以指出不合理条款的具体问题，并提供相关证据支持您的观点。
诉讼或仲裁：
- 如果协商无果，您可以考虑通过诉讼或仲裁的方式寻求法律救济。
- 在诉讼或仲裁过程中，您需要证明不合理条款的存在、该条款违反了法律法规的强制性规定或显失公平，以及您因此遭受了损失。
- 诉讼时效：需要注意的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。在您的情况下，虽然协议已经生效十一年，但如果您能够证明在最近三年内才发现不合理条款，并且因此遭受了损失，那么您仍然有可能在诉讼时效内提起诉讼。不过，具体是否超过诉讼时效，还需要根据您的具体情况和证据来判断。
申请确认合同无效：
- 如果不合理条款违反了法律法规的强制性规定，您可以向法院申请确认该条款无效。
- 法院在审理过程中，会审查该条款是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否损害了国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在寻求法律救济之前，您需要收集相关证据，证明不合理条款的存在、该条款违反了法律法规的强制性规定或显失公平，以及您因此遭受了损失。
- 证据可以包括协议文本、相关法律法规、市场价格信息、履行过程中的沟通记录等。
咨询专业律师：
- 由于法律问题具有复杂性和专业性，我建议您在采取任何行动之前，先咨询专业律师的意见。
- 作为专注于合同纠纷领域的律师，我可以根据您的具体情况，为您提供详细的法律分析和建议。
谨慎行事：
- 在处理不合理条款问题时，您需要谨慎行事，避免采取过激或违法的行为。
- 保持冷静和理性，通过合法途径寻求法律救济。
最后，协议生效十一年后才发现不合理条款，虽然时间较长，但并不意味着无法补救。您可以根据上述分析，结合自己的具体情况，选择合适的法律救济途径。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。